Jackson saavutti 26. elokuuta iltapäivällä Bristoen aseman Orancen ja Aleksandrian rautatien varrella, jossa hänen joukkonsa jatkoivat kahden junan romuttamista ja useiden kilometrien pituisten raiteiden repimistä. Kun hän sai tietää, että Manassas Junctionissa useita kilometrejä koilliseen oli unionin huoltovarikko, Jackson irrotti Isaac R. Trimblen prikaatin yhdessä ratsuväen tuen kanssa valloittamaan risteyksen. Yömarssin jälkeen Trimble aloitti hyökkäyksen, joka valtasi unionin pienen varuskunnan, otti yli 300 vankia ja kahdeksan tykkiä neljän miehen tappioilla. Saatuaan yöllä tiedon konfederaation hyökkäyksestä Manassas Junctioniin Pope yritti käynnistää useita unionin kolonnia Jacksonin siipeä vastaan konfederaation saartamiseksi. Hän aloitti Virginian armeijan marssin koilliseen kohti Manassasia ja määräsi Washingtonissa olevien unionin joukkojen joukko-osastoja siirtymään rautateitse länteen Manassasiin. George W. Taylorin ja E. Parker Scammonin prikaatit lähtivät liikkeelle 27. elokuuta aamulla. Sillä välin Jackson jätti Richard S. Ewellin divisioonan Bristoe’s Stationiin vahtimaan unionin joukkoja ja siirsi A. P. Hillin ja William B. Taliaferron divisioonat vahvistamaan Trimblen prikaatia.
Juuri kun Hillin divisioona oli saapunut Manassas Junctioniin, Trimblen kimppuun hyökkäsi 2. New Yorkin raskas tykistörykmentti, mutta hyökkäys torjuttiin nopeasti Hillin avulla. Samaan aikaan Taylor saapui junalla, eikä tiennyt olevansa alakynnessä, vaan ryhtyi asettamaan prikaatiotaan hyökkäykseen. Konfederaation raskas tulitus, erityisesti tykistöltä, sai Taylorin prikaatin pakenemaan, ja Taylor itse haavoittui kuolettavasti. Scammonin kaksi rykmenttiä saapui paikalle ja toimi jälkijoukkona turvaamassa unionin vetäytymistä. Unionin tappiot olivat yhteensä lähes 450 (mukaan lukien yli 200 vankia), kun taas konfederaatiot menettivät vain kaksikymmentäviisi miestä.
Lännessä Ewell sijoitti divisioonansa Kettle Runin varrelle toimimaan Jacksonin selustan suojana Popen joukkoja vastaan. Joseph Hookerin divisioona unionin III korpuksesta kohtasi ensimmäisen kerran Ewellin esirykmentit noin kello 14.30. Ewell pystyi pitämään asemansa yli tunnin ajan, mutta Hooker toi sitten oman tykistönsä esiin ja yritti ohittaa konfederaation linjan. Pian kello 16.00 jälkeen Ewell sai Jacksonilta käskyn vetäytyä Manassas Junctioniin ja vetäytyi onnistuneesti; Hooker ei pystynyt seuraamaan häntä, koska Broad Runin ylittävä silta pohjoisessa oli palanut. Ewell menetti taistelussa alle 150 miestä, kun taas Hooker menetti 400 miestä.