Dialektinen diskurssi ”geenistä” fenotyypistä johdettuna perinnöllisyyden yksikkönä, olipa se sitten välivaiheena oleva muuttuja tai hypoteettinen konstruktio, näytti ratkeavan DNA:n molekyylimallin esittelyn myötä: geeni pelkistettiin DNA:n sekvenssiksi, joka transkriboituu RNA:ksi, joka translitteroituu polypeptidiksi; polypeptidit voivat taittua valkuaisaineiksi (proteiineiksi), jotka ovat osallisina soluaineksen aineenvaihdunnassa ja rakenteessa, ja siten toiminnassa. Tämä tie osoittautui sitä hämmentävämmäksi, mitä enemmän tuotteiden ja toimintojen säätelyä paljastettiin integroitujen solujärjestelmien yhteydessä. Filosofit, jotka pyrkivät määrittelemään yhtenäisen käsitteen geenistä (molekyyli)genetiikan peruskokonaisuutena, kohtasivat ne, jotka ehdottivat useita erilaisia ”geenejä” kokeellisten tutkijoiden käsitteellisten kehysten mukaisesti. Tutkijat pitivät geenejä de facto yhä useammin yleisnimikkeinä, joilla he kuvasivat empiirisiä tietojaan, ja DNA-sekvensointikapasiteetin parantuessa nämä kokonaisuudet olivat pääsääntöisesti alhaalta ylöspäin suuntautuvia nukleotidisekvenssejä, jotka määrittelevät toimintoja. Vasta hiljattain empiristit palasivat keskustelemaan käsitteellisistä näkökohdista, mukaan lukien ylhäältä alaspäin suuntautuvat määritelmät toiminnallisista yksiköistä, jotka solumekanismien avulla valitsevat DNA-sekvenssit, jotka muodostavat toiminnallisten kokonaisuuksien ”genomijäljet”.