Minulla on vain vähän kokemusta, koska olen vasta toisella läpipeluukerrallani, mutta tähän mennessä olen kuitenkin havainnut –

Jos liityt Minutemeniin, päädyt liittolaiseksi Railroadin kanssa ja päädyt tuhoamaan Brotherhood of Steelin ja instituutin.

Lisäksi, jos olet edennyt Minutemen-tehtävien läpi (aina linnan takaisinvaltaamiseen asti), niin tehtävän aikana, jossa instituutti yrittää ”kutsua” Wallacea liittymään heidän Biosciences-tiimiinsä, juuri Minutemenit vastaavat Wallacen hätäkutsuun (antaen sinulle siten mahdollisuuden puhua heidät ympäri). Jos et ole liittynyt Minutemeniin, Gunners ilmestyy vastaamaan Wallacen avunpyyntöön. Minutemen-tarinan eteneminen johtaa myös siihen, että lukuisat vaeltavat Minutemen-ryhmät partioivat autiomaassa sen lisäksi, että saat avattua tykistön.

Jos liityt Brotherhood of Steeliin, julistat sodan Institutea ja Railroadia vastaan samalla kun olet liittoutunut Minutemenien kanssa.

Jos liityt Railroadiin, olet liittoutunut Minutemenin kanssa ja tuhoat Brotherhood of Steelin ja Instituten.

Jos liityt Instituuttiin, olet liittoutunut Minutemenin kanssa ja tuhoat Railroadin ja Brotherhood of Steelin.

Kun olet suorittanut tarinan loppuun liittoutuneena Instituutin kanssa, synttäriryhmät alkavat ilmestyä eri puolille Commonwealthia ilmoittaen, että Instituutti on nyt johdossa – he myös pystyttävät erilaisia tarkistuspisteitä ja vaeltavat autiomaassa tappaen mutantteja ja raidereita. Eri seuralaiset, joita käytin läpipeluuni aikana, eivät välittäneet siitä, että olin asettunut instituutin puolelle, mutta oletan, että Deacon ja Danse saattaisivat (koska olet tuhonnut heidän ryhmittymänsä).

Riippumatta siitä, kumman valinnan teet,

”Isä” kuolee, mutta välivideokohtaus on erilainen, jos et ole liittoutunut instituutin kanssa. Jos hyökkäät instituutin kimppuun, menetät sen pikamatkustuspaikkana. Kaikki ryhmittymät, jotka tuhoat, eivät ole käytettävissä tehtäviin viimeisen välivideon jälkeen.