Vuonna 1592 vaino uusittiin, ja useat japanilaiset käännynnäiset saivat marttyyrikuoleman kruunun. Keisari Tagcosama, yksi ylpeimmistä ja ilkeimmistä ihmisistä, sai raivon ja mustasukkaisuuden valloilleen, kun eräät eurooppalaiset kauppiaat, jotka halusivat monopoliasemaa tässä kaupassa, esittivät epäilyn, että lähetyssaarnaajien tarkoituksena oli kristinuskon saarnaamisella helpottaa portugalilaisten tai espanjalaisten maansa valloitusta.

Kolme jesuiittalaista ja kuusi fransiskaanimunkkia ristiinnaulittiin kukkulalla Nangasaquin lähistöllä vuonna 1597. Jälkimmäiset olivat osittain espanjalaisia ja osittain intiaaneja, ja heidän johdossaan oli F. Peter Baptist, sääntökuntansa komissaari, joka oli kotoisin Avilasta, Espanjasta. Jesuiittojen joukossa oli Paul Miki, jalo japanilainen ja merkittävä saarnaaja, joka oli tuolloin kolmekymmentäkolmen vuoden ikäinen. Kaksi muuta, John Gotto ja James Kisai, otettiin seuran jäseniksi vankilassa hieman ennen kuin he kärsivät. Useat japanilaiset käännynnäiset kärsivät heidän kanssaan. Marttyyreja oli kaksikymmentäkuusi, ja heidän joukossaan oli kolme poikaa, joilla oli tapana palvella munkkeja messussa; kaksi heistä oli viidentoista vuoden ikäisiä ja kolmas vasta kahdentoista, mutta jokainen heistä osoitti suurta iloa ja pysyvyyttä kärsimyksissään. Näistä marttyyreista kaksikymmentäneljä oli tuotu Meacoon, jossa vain osa heidän vasemmasta korvastaan oli leikattu irti lieventämällä tuomiota, jossa oli käsketty amputoida heidän nenänsä ja molemmat korvansa. Heitä kuljetettiin läpi monien kaupunkien ja julkisten paikkojen, heidän poskensa veressä, muiden kauhuksi. Kun kaksikymmentäkuusi Kristuksen sotilasta oli saapunut teloituspaikalle Nangasaquin lähelle, he saivat tunnustaa kahdelle kyseisen kaupungin luostarin jesuiitalle, ja kun heidät oli kiinnitetty ristiin köysillä ja ketjuilla käsivarsien ja jalkojen ympärille ja rautapannalla kaulan ympärille, heidät nostettiin ilmaan, ja kunkin ristin jalka putosi maahan tehtyyn kuoppaan. Ristit asetettiin riviin, noin metrin välein, ja jokaisen marttyyrin lähellä oli pyöveli, jolla oli keihäs valmiina lävistämään hänen kylkensä; sillä tällainen on japanilainen ristiinnaulitsemistapa. Heti kun kaikki ristit oli pystytetty, pyövelit nostivat keihäänsä, ja merkistä kaikki lävistivät marttyyrit lähes samassa hetkessä, minkä jälkeen he kuolivat ja menivät vastaanottamaan kärsimystensä palkkaa. Kristityt hankkivat heidän verensä ja vaatteensa, ja he tekivät ihmeitä. Urban VIII luokitteli heidät marttyyrien joukkoon, ja heitä kunnioitetaan helmikuun 5. päivänä, heidän voittonsa päivänä.