San Franciscon lahti, 80 km pitkä ja 4,8-21 km leveä, Kalifornian länsiosassa; saapuu Golden Gaten kautta, joka on salmi kahden niemen välissä. Lahti on paikoin jopa 30 metriä syvä, ja Golden Gaten edustalla olevan hiekkasärkän läpi kulkee 15 metriä syvä kanava. San Francisco sijaitsee eteläisellä niemimaalla; pohjoisella niemimaalla sijaitsevat Marin co:n asuinalueet, kun taas lahden puolikuun muotoisen lahden itärannalla sijaitsevat Alamedan, Oaklandin, Berkeleyn ja Richmondin kaltaiset teollisuuskaupungit. Santa Claran laakso, joka on osa rannikkoa myötäilevää suurta painannetta, on lahden jatke maalle päin. Angel Island, Alcatraz ja Yerba Buena Island sekä niiden naapurisaari Treasure Island (jossa järjestettiin kansainvälinen näyttely 1939-40) sijaitsevat lahdella. San Franciscon lahden luonnonsatama on San Pablo Bayn ja Suisun Bayn kanssa yksi maailman parhaista. Näillä toissijaisilla lahdilla ja niitä yhdistävällä Carquinezin salmella sijaitsevat Vallejon, Benician, Martinezin ja Pittsburgin kaupungit. Bay Areaa palvelee siltojen verkosto, joista tärkeimmät ovat Golden Gate Bridge, San Francisco-Oakland Bay Bridge, Richmond-San Rafael Bridge ja San Mateo-Hayward Bridge. Trans-Bay Tube, San Franciscon ja Oaklandin välinen 5,6 kilometrin pituinen tunneli, on yksi maailman pisimmistä vedenalaisista pikavuoroputkista. Tunneli rakennettiin erityisesti vaimentamaan maanjäristysten aiheuttamia järistyksiä. Alueella sijaitsee useita Yhdysvaltain laivaston laitoksia. Englantilainen merenkulkija Sir Francis Drake vieraili lahdella vuonna 1579; espanjalaiset tutkivat sitä tarkemmin 1700-luvun lopulla.