Gotham Cityn rikolliset pakenevat peloissaan, sillä Batman pitää Gothamin hyvät kansalaiset turvassa. Elokuva alkaa, kun klovninaamareihin pukeutunut miesjoukko murtautuu pankkiin, jossa mafia säilyttää suuren osan rahoistaan. Ryöstön suunnittelija on Jokeri. Ryöstön päätteeksi Jokeri saapuu paikalle ja työntää kranaatin pankinjohtajan suuhun.

Tietämättöminä Jokerin läsnäolosta kaupungissaan Batman ja uusi syyttäjä Harvey Dent työskentelevät yhdessä komisario Gordonin kanssa saadakseen mafian viimeisetkin rahanpesuyritykset lopullisesti loppumaan. He uskovat lopettaneensa lopullisesti rahanpesun ja rikollisuuden kaupungissa – kunnes Jokeri ilmestyy kylvämään kaaosta. Jokeri salamurhaa tuomarin, asentaa pommin sairaalaan ja räjäyttää sen, ja alkaa tappaa Gothamin viattomia ihmisiä yksi kerrallaan, kunnes Batman paljastaa hänen henkilöllisyytensä.

Batman on päättänyt taistella Jokeria vastaan. Jonkin aikaa näyttää siltä, että hän säilyttää yliotteen, kunnes hänen paras ystävänsä Rachel, joka sattuu olemaan myös Harvey Dentin tyttöystävä, kuolee ristitulessa. Kun puolet Harvey Dentin kasvoista palaa räjähdyksessä, Jokeri saa hänet siirtymään pimeälle puolelle ja rohkaisee häntä kostamaan Rachelin kuoleman. Harvey ottaa uuden nimen, Kaksinaama, ja Batmanilla on vastassaan kaksi hullua, kun Gothamin tuho häämöttää.

Jokeri on selvästikin suunnitellut Gothamin valtausta jo jonkin aikaa, ja hän näyttää olevan Batmania vähintään kaksi askelta edellä joka käänteessä. Julkaistuaan koko Gothamin kaupunkia koskevan uhkauksen hän ottaa haltuunsa kaksi lauttaa ja täyttää toisen kansalaisilla ja toisen tuomituilla rikollisilla. Hän myös täyttää molemmat lautat räjähteillä. Hän antaa kummallekin laivalle pääräjäyttäjän, joka räjäyttää toisen lautan. Jos kukaan ei räjäytä toista lauttaa keskiyöhön mennessä, hän sanoo räjäyttävänsä molemmat laivat. Batman pystyy lopulta nujertamaan pahan klovnin, eikä kukaan lauttojen matkustajista loukkaannu.

Harvey on yhä Jokerin puolella, mitä Batman ei tajunnut, kun hän kiirehti kaatamaan Jokerin itse. Samalla kun Batman on kohdannut Jokerin, Gordon saa tietää, että Kaksinaama on ottanut hänen perheensä panttivangiksi. Kun Gordon lähtee pelastamaan heitä, Kaksinaama tyrmää Gordonin maahan ja nappaa sitten hänen pikkupoikansa Jimmyn aikomuksenaan heittää kolikkoa ja päättää pojan kohtalosta sattumalta. Yhtäkkiä Batman saapuu paikalle ja käskee Two-Facea lopettamaan ja sanoo, että hän syyttää vääriä ihmisiä Rachelin kuolemasta. Two-Face heittää kolikkoa Batmanin puolesta. Se osuu likainen puoli ylöspäin, joten hän ampuu hänet. Hän heittää kolikon itselleen. Kolikko osuu puhtaalla puolella ylöspäin. Sitten hän jatkaa alkuperäistä suunnitelmaansa ja heittää kolikon pikku-Jimmylle. Lopullisena hetkenä Batman nousee ylös ja taklaa Two-Facen pudottaen hänet reunalta.

Batman harmittelee, että Joker voitti silti, koska hän turmeli Harvey Dentin, hajotti heidän liittonsa lopullisesti ja tuhosi yhden Gothamin parhaista ihmisistä. Jos Gothamin asukkaat saavat koskaan selville Two-Facen tekemät vääryydet, Gothamin tulevaisuus vaarantuu. Niinpä Batman päättää ottaa vastuun Dentin tekemistä murhista Kaksinaamaisena, jotta Jokeri ei voi voittaa ja kaupunki pysyy rauhallisena.

Gordon nähdään tuhoamassa MCU:n rakennuksen yläpuolella olevaa lepakkosymbolia ja ryhtyy sitten jahtaamaan Batmania, joka pakenee. Gordon kertoo pojalleen, että vaikka Dent oli sankari, jota Gotham tarvitsi, Batman on sankari, jonka Gotham ansaitsee. Batmania aletaan jahdata, ja hän lähtee karkuun Batpodillaan. Gordon julistaa: ”Hän on hiljainen vartija. Valpas suojelija. Pimeyden ritari.”