Dans une étude publiée dans Cell, les chercheurs dirigés par Zanvil A. Cohn et le professeur Ralph M. Steinman Michel C. Nussenzweig à l’Université Rockefeller et leurs collaborateurs décrivent de nouvelles perspectives sur les cellules susceptibles d’abriter, ou non, cette menace tapie.

« Il a récemment été démontré que les globules blancs infectés peuvent proliférer au fil du temps, produisant de nombreux clones, tous contenant le code génétique du VIH. Cependant, nous avons constaté que ces clones ne semblent pas héberger le réservoir latent du virus », explique l’auteur de l’étude, Lillian Cohn, étudiante diplômée du laboratoire d’immunologie moléculaire de Nussenzweig. « Au lieu de cela, notre analyse indique que les cellules qui ne se sont jamais divisées sont la source du réservoir latent. »

Le VIH appartient à une famille de virus qui s’insèrent directement dans le génome de la cellule hôte où ils peuvent se cacher discrètement après l’infection initiale. Le VIH cible principalement les lymphocytes T CD4, un type de cellule T impliquée dans le déclenchement d’une réponse immunitaire.

Lorsque le VIH s’intègre dans le code génétique d’une cellule T CD4, il peut produire une infection active, détournant la cellule pour produire davantage de copies de lui-même afin d’infecter d’autres cellules, et la tuer au passage. Les médicaments antirétroviraux qui suppriment l’infection par le VIH agissent en empêchant ce détournement. Mais il se peut aussi que le virus ne produise pas d’infection active, restant un minuscule fragment d’ADN caché dans le génome de la cellule hôte. Dans ce cas, les médicaments ne peuvent rien faire et l’infection reste latente.

Le plus souvent, cependant, ce qui se passe est en fait quelque chose entre les deux. Si le virus parvient à s’intégrer, au moins en partie, dans le génome du lymphocyte T, des problèmes dans le processus le rendent incapable de détourner la cellule pour se répliquer. Mais ces quelques intégrations réussies font quand même des dégâts, et l’épuisement du système immunitaire de la victime qui en résulte la rend vulnérable à des infections opportunistes potentiellement mortelles des années, voire des décennies, après l’infection initiale.

« Si un patient arrête de prendre des antirétroviraux, l’infection rebondit. Il est vraiment étonnant que le virus puisse donner naissance au SIDA 20 ans après l’infection initiale », dit Cohn.

Les chercheurs pensent que le réservoir de virus latent pourrait se cacher dans un type de cellules T CD4 : des cellules mémoires à longue durée de vie qui aident le système immunitaire à se souvenir de pathogènes particuliers. Lorsque ces cellules rencontrent un agent pathogène qu’elles ont déjà vu, elles stimulent la prolifération de cellules T adaptées pour le reconnaître, dans un processus appelé expansion clonale. Des recherches antérieures ont suggéré que l’expansion clonale est cruciale pour maintenir le réservoir latent du VIH.

Suivant les travaux initiés par Mila Jankovic, une associée de recherche principale du laboratoire, Cohn et ses collègues ont examiné les cellules T CD4 clonées et uniques dans les échantillons de sang de 13 personnes infectées par le VIH. Une technique de calcul analytique mise au point par Israel Tojal da Silva, chercheur associé au laboratoire, a permis d’identifier les sites d’intégration dans lesquels le VIH s’était inséré à l’intérieur des cellules individuelles.

« Compte tenu de la taille du génome humain, il est très peu probable que le virus s’insère exactement au même endroit plus d’une fois. Ainsi, si plusieurs cellules contenaient un virus avec des sites d’intégration identiques, nous les avons classées comme des clones. Pendant ce temps, si une cellule avait un site d’intégration unique, qui n’était partagé avec aucune autre cellule, alors nous avons supposé que cette cellule était unique », explique Cohn.

Les chercheurs ont testé 75 séquences virales prélevées sur les clones de cellules étendues pour voir si elles avaient le potentiel de produire plus de virus. Aucune n’a pu le faire.

« Bien que nous ne puissions pas exclure la possibilité qu’un rare clone de cellules puisse contenir un virus actif, il semble plus probable que le réservoir latent — et la cible potentielle pour les thérapies destinées à guérir le VIH — réside dans les cellules uniques plus rares contenant des intégrations uniques », dit Cohn.

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