Les dernières décennies ont été marquées par une croissance sans précédent de l’application des probiotiques pour promouvoir la santé intestinale générale ainsi que par leur apparition en tant que biothérapies pour soulager certains troubles cliniques liés à la dysbiose. Si de nombreuses études ont confirmé le potentiel de restauration de la santé d’un groupe restreint d’espèces microbiennes, l’extrapolation commerciale d’un label probiotique similaire à un grand nombre de formulations microbiennes partiellement caractérisées semble biaisée. En particulier, les individus en phase néonatale et/ou ceux qui souffrent de certaines conditions cliniques, notamment de tumeurs malignes, de fuites intestinales, de diabète sucré et de convalescence après une transplantation d’organe, ne profiteront probablement pas des avantages des probiotiques. Pour aggraver encore la situation, certaines souches probiotiques pourraient profiter de la faiblesse de l’immunité de ces groupes vulnérables et se transformer en pathogènes opportunistes engendrant des pneumonies, des endocardites et des septicémies potentiellement mortelles. De plus, l’utilisation non réglementée et généralisée des probiotiques comporte un risque potentiel de transfert de résistance aux antibiotiques à médiation plasmidique vers les pathogènes infectieux intestinaux. Dans cette revue, nous discutons des perspectives de sécurité des probiotiques et de leurs interventions thérapeutiques dans certains groupes de population à risque. Les arguments et les hypothèses présentés mettront certainement en lumière le fait que l’utilisation des probiotiques doit être traitée avec prudence.