John B. S. Haldane (1892-1964), célèbre généticien, physiologiste et vulgarisateur scientifique britannique, a établi de nouvelles voies de recherche en génétique des populations et en évolution. Soulignant l’immensité de la Voie lactée dans le ciel nocturne et le fait qu’il existe 400 000 espèces de coléoptères mais seulement 8 000 espèces de mammifères, il aurait déclaré : « Si l’on pouvait conclure à la nature du Créateur à partir de l’étude de sa création, il semblerait que Dieu ait un penchant particulier pour les étoiles et les coléoptères. » Dans le même ordre d’idées, la lecture des numéros des revues de l’American Society for Microbiology et d’autres publiés ces dernières années pourrait amener le lecteur à conclure que les microbiologistes ont un penchant particulier pour les lactobacilles. Cinquante-deux publications concernant les lactobacilles (avec « lactobacillus » ou « lactobacilli » apparaissant dans le titre ou le résumé de l’article) sont parues dans la seule revue Applied and Environmental Microbiology en 2003. Ce n’est pas étonnant : ce sont des bactéries fascinantes et utiles.

Les lactobacilles sont des membres des bactéries lactiques, un groupe largement défini caractérisé par la formation d’acide lactique comme produit final unique ou principal du métabolisme des glucides. Les lactobacilles sont des bâtonnets ou des coccobacilles gram-positifs, non sporulés, dont la teneur en G+C est généralement inférieure à 50 % molaire (22). Quatre-vingt espèces de lactobacilles sont reconnues à l’heure actuelle (55). Ils sont strictement fermentaires, aérotolérants ou anaérobies, aciduriques ou acidophiles, et ont des besoins nutritionnels complexes (glucides, acides aminés, peptides, esters d’acides gras, sels, dérivés d’acides nucléiques, vitamines). Utilisant le glucose comme source de carbone, les lactobacilles peuvent être soit homofermentaires (produisant plus de 85 % des produits de fermentation sous forme d’acide lactique), soit hétérofermentaires (produisant de l’acide lactique, du dioxyde de carbone, de l’éthanol et/ou de l’acide acétique en quantités équimolaires). Les besoins nutritionnels des lactobacilles se reflètent dans leurs habitats, qui sont riches en substrats contenant des hydrates de carbone : on les trouve sur les plantes ou les matières d’origine végétale, dans les aliments fermentés ou avariés, ou en association avec le corps des animaux (22).

Les lactobacilles sont importants dans la production d’aliments qui nécessitent une fermentation lactique, notamment les produits laitiers (yaourt et fromage), les légumes fermentés (olives, cornichons et choucroute), les viandes fermentées (salami) et le pain au levain. L’utilisation des lactobacilles dans l’industrie alimentaire a une longue histoire, et les fonctions des bactéries dans le cadre industriel ont été bien étudiées (28). Les lactobacilles qui habitent le corps des animaux sont cependant beaucoup moins connus, malgré un intérêt presque continu des scientifiques depuis environ 100 ans.

Elie Metchnikoff (1845-1916), lauréat d’un prix Nobel pour ses descriptions pionnières de la phagocytose, s’est intéressé au processus de vieillissement. Alors que la recherche moderne sur ce sujet se concentre sur le maintien de séquences d’ADN non mutées, Metchnikoff s’est intéressé au microbiote intestinal comme source d’intoxication de l’intérieur (40, 41). Selon Metchnikoff, la communauté bactérienne résidant dans le gros intestin des humains était une source de substances toxiques pour les systèmes nerveux et vasculaire de l’hôte. Ces substances toxiques, absorbées par l’intestin et circulant dans la circulation sanguine, contribuaient au processus de vieillissement. Les bactéries intestinales ont ainsi été identifiées comme les agents responsables de l' »auto-intoxication ». Les bactéries incriminées étaient capables de dégrader les protéines (putréfaction), de libérer de l’ammoniac, des amines et de l’indole qui, à des concentrations appropriées, étaient toxiques pour les tissus humains. Metchnikoff en a déduit que de faibles concentrations de produits bactériens toxiques pouvaient échapper à la détoxification par le foie et entrer dans la circulation systémique. Sa solution pour la prévention de l’auto-intoxication était radicale : l’ablation chirurgicale du gros intestin. Un remède moins effrayant et plus populaire consistait toutefois à tenter de remplacer ou de diminuer le nombre de bactéries putréfactives dans l’intestin en enrichissant le microbiote intestinal de populations bactériennes qui fermentent les glucides et ont une faible activité protéolytique. Il a été proposé que l’administration orale de cultures de bactéries fermentaires « implante » les bactéries « bénéfiques » dans le tractus intestinal. Les bactéries productrices d’acide lactique ont été privilégiées comme bactéries fermentaires à utiliser à cette fin, car il a été observé que la fermentation naturelle du lait par ces microbes empêchait la croissance des bactéries non tolérantes à l’acide, y compris les espèces protéolytiques. Si la fermentation lactique empêchait la putréfaction du lait, ne pourrait-elle pas avoir le même effet dans le tube digestif si l’on utilisait des bactéries appropriées ? Les Européens de l’Est, dont certains avaient apparemment une grande longévité, consommaient des produits laitiers fermentés dans le cadre de leur alimentation quotidienne (40, 41). Le lait fermenté avec le « bacille bulgare » de Metchnikoff connut alors une certaine vogue en Europe occidentale : c’est la naissance des probiotiques. Inventé dans un tout autre contexte par Lilley et Stillwell (34) pour décrire des substances sécrétées par un type de microorganisme qui stimulent la croissance d’un autre (probiotique par opposition à antibiotique), le terme « probiotique » a ensuite été utilisé pour décrire « les organismes et les substances qui contribuent à l’équilibre microbien intestinal » (44). La définition de Fuller (13), « un complément alimentaire microbien vivant qui a un effet bénéfique sur l’animal hôte en améliorant son équilibre intestinal », a été largement utilisée. « Des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en certaines quantités, exercent des effets bénéfiques sur la santé au-delà de la nutrition générale inhérente » ont été suggérés (20), de même que la formulation « Les probiotiques contiennent des cellules microbiennes qui traversent le tractus gastro-intestinal et qui, ce faisant, sont bénéfiques pour la santé du consommateur » (63). Il en est de même pour ce qui suit : « micro-organismes vivants définis, administrés en quantités adéquates, qui confèrent un effet physiologique bénéfique à l’hôte » (49) ; « micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un avantage pour la santé à l’hôte » (52) ; et « préparations de cellules microbiennes ou composants de cellules microbiennes qui ont un effet bénéfique sur la santé et le bien-être de l’hôte » (51).

Les produits probiotiques, dont beaucoup contiennent des lactobacilles, font l’objet d’une promotion active de la part des industries laitières, alimentaires et de  » santé autonome  » et ont été acceptés sans critique par les scientifiques de l’alimentation ainsi que par le grand public. Cependant, les allégations d’efficacité des probiotiques par rapport aux bénéfices pour la santé humaine ne résultent pas d’évaluations rigoureuses et impartiales telles que celles exigées par la Food and Drug Administration américaine pour les produits pharmaceutiques (60). En d’autres termes, ces allégations n’ont pas été soumises aux quatre phases habituelles d’évaluation de l’efficacité (47).

L’opinion de Metchnikoff selon laquelle la consommation de cellules bactériennes dans les aliments modifierait les proportions dans lesquelles certaines populations sont présentes dans le microbiote intestinal a négligé l’une des forces les plus puissantes de la nature : l’homéostasie. En termes simples, l’homéostasie est la force de la nature par laquelle, bien que tout change, tout reste identique (2). L’homéostasie des communautés bactériennes est représentée par un état stable qui est généré par les organismes eux-mêmes. La compétition pour les nutriments et l’espace, l’inhibition d’un groupe par les produits métaboliques d’un autre groupe, la prédation et le parasitisme contribuent tous à la régulation des populations dans des proportions particulières, les unes par rapport aux autres. Comme toutes les niches écologiques sont remplies dans une communauté bactérienne régulée, il est extrêmement difficile pour les microbes allochtones (formés à un autre endroit), introduits accidentellement ou intentionnellement dans un écosystème, de s’établir. Ce phénomène est appelé « exclusion compétitive » (2). Les bactéries nouvellement introduites n’ont aucun moyen de gagner leur vie dans l’écosystème, car toutes les niches possibles ont été occupées. La composition du microbiote intestinal humain, telle qu’elle ressort de l’examen d’échantillons de matières fécales, présente une stabilité remarquable (58, 69). L’empreinte génétique (profils d’électrophorèse sur gel en gradient dénaturant) de cette communauté bactérienne est restée constante dans les échantillons prélevés lors d’études à long terme, même d’une durée de 18 mois (63). Pour de nombreux humains étudiés, cette stabilité s’est étendue au-delà des genres et des espèces, jusqu’au niveau des souches bactériennes (30, 37). L’exclusion compétitive est pertinente pour l’introduction de bactéries probiotiques dans l’intestin. Ces cellules bactériennes sont allochtones à la communauté bactérienne de l’intestin, et comme l’ont démontré plusieurs études, elles n’ont qu’une existence transitoire dans l’écosystème intestinal (1, 11, 54, 57, 63). Pour prendre l’exemple d’une étude, Lactobacillus rhamnosus DR20 a été administré quotidiennement dans du lait à des sujets humains pendant 6 mois (63). La souche probiotique a été détectée uniquement pendant que le produit probiotique continuait à être consommé. Une fois que la consommation du produit probiotique a cessé, l’excrétion de la bactérie dans les fèces a également cessé. De plus, les niveaux de la souche probiotique étaient relativement faibles (105 à 106 organismes par gramme de fèces), et elle n’a été détectée qu’irrégulièrement dans les échantillons prélevés chez environ 40 % des sujets qui avaient des populations stables préexistantes de Lactobacillus dans leurs intestins. Le reste des sujets n’avait pas de populations stables de Lactobacillus, et la souche probiotique a pu être détectée dans tous leurs échantillons fécaux pendant la période de consommation du probiotique, car les cellules probiotiques n’étaient pas en surnombre par rapport à celles des lactobacilles résidents.

Les lactobacilles allochtones sont couramment introduits dans l’écosystème intestinal car ils sont omniprésents dans la nature. Ils font partie du microbiote de nombreux aliments, et ces espèces de Lactobacillus d’origine alimentaire peuvent être détectées de manière transitoire et imprévisible dans les fèces humaines (7, 66). En revanche, comme on l’a vu plus haut, une partie des sujets humains héberge des lactobacilles autochtones (formés là où ils se trouvent) (63). Le concept d’autochtonie a été postulé pour la première fois en relation avec l’écosystème intestinal par Dubos et ses collègues (9), puis défini par Dwayne Savage : « Les microbes autochtones sont caractérisés comme des microorganismes indigènes qui colonisent des régions particulières du tractus au début de la vie, se multiplient jusqu’à atteindre des niveaux de population élevés peu après la colonisation, et restent à ces niveaux tout au long de la vie d’animaux sains et bien nourris. Les micro-organismes autochtones doivent se trouver chez essentiellement tous les individus d’une espèce animale donnée, indépendamment de leur localisation géographique » (56).

A la suite d’une réflexion plus approfondie sur les observations faites dans les études récentes sur l’écologie des Lactobacillus, la définition concise suivante a pu être proposée : « Une espèce autochtone a une association à long terme avec une espèce hôte particulière, formant une population stable de taille caractéristique dans une région particulière de l’intestin, et a une fonction écologique démontrable. » Cette définition pourrait être considérée comme une hypothèse de travail et une base pour une discussion plus approfondie.

Les espèces de Lactobacillus autochtone peuvent être clairement identifiées dans le cas des poulets de chair élevés dans des conditions commerciales (19, 31). Les Lactobacilles s’établissent dans les cultures des oiseaux peu après l’éclosion et persistent tout au long de la vie de l’hôte malgré l’administration courante de médicaments antimicrobiens dans l’alimentation des volailles (association à long terme avec une espèce hôte particulière). Au moins certaines souches de Lactobacillus adhèrent à l’épithélium des cultures et prolifèrent pour former un biofilm. Les activités métaboliques des lactobacilles qui persistent ainsi influencent le pH des digesta, ce qui, à son tour, inhibe la prolifération des entérobactéries (fonction écologique démontrable) (14). À partir de ce site, les cellules de Lactobacillus fournissent un inoculum du digesta, qui est ensuite riche en lactobacilles dans tout le reste de l’intestin (populations stables de taille caractéristique) (14, 31). Une proportion majeure du microbiote du contenu iléal, par exemple, est composée de lactobacilles (35). De plus, une succession d’espèces est détectable au sein de la population totale de Lactobacillus de l’intestin du poulet. Alors que les membres du groupe Lactobacillus acidophilus et Lactobacillus reuteri sont des colonisateurs précoces, Lactobacillus salivarius n’est systématiquement détecté que chez les oiseaux plus âgés (19, 31). La régulation mécaniste de cette succession serait fascinante à étudier, car il semblerait qu’un conditionnement préalable de l’habitat par d’autres lactobacilles, ou par des changements dans la physiologie du poulet ou la composition de son alimentation, soit nécessaire pour que L. salivarius s’établisse et persiste dans l’intestin des oiseaux. Une succession similaire de Lactobacillus se produit dans le jabot et l’iléon, suggérant que la colonisation du jabot détermine la composition du microbiote du digesta iléal en ce qui concerne la population de Lactobacillus.

L. reuteri est autochtone à l’intestin des rongeurs, comme le prouvent les faits qu’il y a été détecté dans plusieurs études ; il adhère à l’épithélium non sécrétoire du pré-estomac, formant ainsi un biofilm ; il persiste à des niveaux de population constants tout au long de la vie dans l’intestin de souris anciennement sans Lactobacillus inoculées par la bouche avec une culture pure en une seule occasion ; et il influence la biochimie de l’intestin grêle (23, 38, 42, 64, 67). L. reuteri et l’écosystème intestinal des souris constituent donc un excellent paradigme pour l’étude des bases moléculaires de l’autochtonie. Au cours de la dernière décennie, des technologies de piégeage des promoteurs ont été développées pour surmonter les limites des modèles in vitro pour l’étude des traits qui améliorent les performances écologiques dans les écosystèmes complexes. Par exemple, la technologie d’expression in vivo (IVET) a été développée par Mahan et ses collègues pour étudier l’expression des gènes par Salmonella enterica serovar Typhimurium pendant l’infection des souris (36). L’IVET a également été utilisée pour identifier les gènes induits in vivo (ivi) pour un certain nombre d’autres pathogènes, et les mutations dans un sous-ensemble de ces gènes ivi ont entraîné une diminution de la virulence (46). L’IVET a récemment identifié les gènes de la souche 100-23 de L. reuteri qui étaient spécifiquement induits dans l’intestin murin (65). Un système à base de plasmide a été construit contenant ′ermGT (qui confère la résistance à la lincomycine) comme gène rapporteur primaire pour la sélection des promoteurs actifs dans l’intestin des souris traitées à la lincomycine. Un second gène rapporteur, ′bglM (codant pour la bêta-glucanase), a permis de différencier les promoteurs constitutifs et in vivo-inductibles. L’application du système IVET en utilisant L. reuteri et des souris anciennement exemptes de Lactobacillus a révélé trois gènes induits spécifiquement pendant la colonisation. Des séquences présentant des homologies avec la xylose isomérase (xylA) et la méthionine sulfoxyde réductase (msrB) ont été détectées. Le troisième locus a montré une homologie avec une protéine de fonction inconnue. Le xylose est un sucre d’origine végétale que l’on trouve couramment dans la paille et le son et qui est introduit dans l’intestin par l’alimentation. Le xylose dans l’intestin pourrait provenir de l’hydrolyse des xylanes et des pectines par d’autres membres du microbiote intestinal. L’expression sélective de la xylose isomérase suggère que L. reuteri 100-23 satisfait ses besoins énergétiques dans l’intestin au moins en partie par la fermentation du xylose ou de l’isoprimeverose (le principal composant des xyloglucanes) (4). La méthionine sulfoxyde réductase est une enzyme de réparation qui protège les bactéries contre les dommages oxydatifs causés par les intermédiaires réactifs de l’azote et de l’oxygène. L’oxyde nitrique est produit par les cellules épithéliales de l’iléon et du côlon et agit probablement comme une barrière oxydative, maintenant l’homéostasie intestinale, réduisant la translocation bactérienne et fournissant un moyen de défense contre les pathogènes (25, 50). Cette étude pionnière de l’IVET a montré l’utilité de la technologie pour étudier la base moléculaire de l’autochtonie et a identifié les propriétés bactériennes qui peuvent être essentielles pour la persistance de L. reuteri dans l’intestin (65). En effet, il y a maintenant de solides arguments pour effectuer des comparaisons génomiques entre L. reuteri 100-23 et une souche de la même espèce qui ne colonise pas l’intestin murin. La souche 100-23 possède clairement des propriétés qui lui permettent de former un biofilm et de persister sur l’épithélium du pré-estomac des souris. De plus, cette souche peut être manipulée génétiquement et exprimera des gènes hétérologues introduits in vitro (par électrotransformation) ou par transfert horizontal de gènes dans l’écosystème intestinal (24, 38). Les comparaisons génomiques des souches de L. reuteri en relation avec les phénomènes écologiques auxquels elles sont associées dans l’intestin murin pourraient révéler les bases moléculaires de l’autochtonie.

Certains microbiologistes ont espéré que les lactobacilles pourraient être génétiquement modifiés afin que leurs cellules produisent des substances ayant une valeur biotechnologique, voire thérapeutique. Plutôt que d’utiliser ces bactéries recombinantes dans des fermenteurs industriels, l’objectif a été d’utiliser les cellules bactériennes de l’intestin comme des usines in situ qui délivreraient une substance bioactive dans une région particulière de l’intestin (39). Ces travaux ont été entravés par l’utilisation d’espèces allochtones de lactobacilles, ce qui n’a guère permis d’atteindre l’objectif global. La reconnaissance d’espèces autochtones associées à différents hôtes animaux rend plus probable la production de lactobacilles recombinants qui auront au moins une certaine probabilité de métaboliser, et peut-être de persister, dans l’intestin. Les travaux de Lee et de ses collègues, dans lesquels des lactobacilles vaginaux recombinants qui synthétisent et sécrètent les deux premiers domaines du CD4 humain ont été développés et ont montré in vitro qu’ils bloquaient de manière compétitive l’infection des cellules cibles par le virus de l’immunodéficience humaine, constituent un bon exemple d’approche rationnelle de ce type de recherche (5). Bien qu’une espèce autochtone de Lactobacillus ait été utilisée dans ces expériences, la question de savoir si les bactéries recombinantes ont la capacité de persister après instillation dans les vagins reste spéculative.

Les interactions des lactobacilles avec leurs hôtes et leur impact sur les caractéristiques de l’hôte continuent de fasciner les microbiologistes (59). Des indices sur les influences des bactéries sur l’hôte mammifère ont été obtenus à partir de comparaisons des caractéristiques biochimiques et physiologiques de souris sans germe et conventionnelles, mais la recherche comparative de ce type peut maintenant être effectuée à un niveau sophistiqué en raison de l’avènement du séquençage du génome des animaux et de la fabrication conséquente de microréseaux d’ADN qui présentent des séquences représentatives du génome entier de l’animal. Le potentiel d’obtention de connaissances passionnantes sur les influences mécanistiques du microbiote sur l’hôte par cette approche a été démontré par les travaux pionniers de Hooper et de ses collègues, qui ont étudié l’impact de la colonisation de souris auparavant exemptes de germes par Bacteroides thetaiotaomicron (26). Mais les expériences de mono-association avec des souris anciennement exemptes de germes ne sont pas représentatives de ce qui se passe dans l’écosystème naturel. Une seule souche bactérienne colonisant l’intestin d’un gnotobiote atteint généralement un niveau de population beaucoup plus élevé que chez un animal conventionnel, où le microbe est confronté à une concurrence intense de la part des autres membres du microbiote. Les différences physiologiques entre les animaux sans germes et les animaux conventionnels peuvent également influencer les modèles de colonisation. L’effet de lavage de la motilité de l’intestin grêle confine les bactéries dans l’iléon terminal ou le gros intestin plus statique des animaux conventionnels, mais cette restriction disparaît chez l’animal monoassocié en raison du péristaltisme plus lent caractéristique de l’hôte gnotobiotique (18). De plus, dans l’écosystème complexe des animaux conventionnels, la régulation positive ou négative de l’expression des gènes de l’hôte induite par la présence d’une espèce bactérienne peut être annulée par l’impact d’une autre espèce (26). Ainsi, une vision plus écologique favoriserait l’abandon de l’approche additive (animal sans germe plus espèces bactériennes) et l’adoption d’une approche soustractive (animal conventionnel moins espèces bactériennes). Des souris dépourvues de lactobacilles mais colonisées par un microbiote complexe fonctionnellement équivalent à celui des souris conventionnelles ont été produites et sembleraient offrir le modèle idéal pour déterminer l’impact des lactobacilles allochtones et autochtones sur la régulation de l’expression des gènes de l’hôte (61).

D’un point de vue pragmatique, l’impact du métabolisme des Lactobacilles sur la nutrition et la physiologie des animaux de ferme est un domaine d’étude important. Bien que des médicaments antimicrobiens aient été ajoutés à l’alimentation des animaux de ferme depuis plusieurs décennies, le mécanisme précis par lequel le taux de croissance de l’animal est augmenté et la conversion alimentaire est améliorée est inconnu. Feighner et Dashkevicz ont signalé que l’ajout d’antimicrobiens à l’alimentation des poulets de chair entraînait une diminution de l’activité de l’hydrolase des sels biliaires dans l’iléon des oiseaux (12). Il s’agit peut-être d’une observation particulièrement importante car, au moins parmi les membres du microbiote intestinal des souris, les lactobacilles sont responsables d’une grande partie de cette activité enzymatique (62, 64). Les hydrolases des sels biliaires catalysent le clivage d’un acide aminé du noyau stéroïde des sels biliaires conjugués. La raison pour laquelle les lactobacilles produisent une enzyme ayant cette propriété n’est pas claire, car ils ne gagneraient pas énergétiquement au processus de déconjugaison, mais il pourrait s’agir d’une propriété essentielle permettant aux bactéries de survivre au transit dans l’intestin grêle, dans lequel des concentrations relativement élevées d’acides biliaires conjugués sont libérées (8). L’activité de déconjugaison des lactobacilles pourrait être importante pour l’hôte, car les sels biliaires déconjugués sont moins efficaces pour l’émulsification des lipides alimentaires et la formation de micelles. Ainsi, l’activité hydrolase des sels biliaires des lactobacilles dans l’intestin grêle pourrait nuire à la digestion et à l’absorption des lipides par l’hôte et pourrait avoir des implications dans les industries avicoles et porcines, où une croissance rapide et une conversion efficace des aliments sont nécessaires à la rentabilité. Une grande attention a récemment été accordée à la phylogénie du microbiote intestinal, mais peu d’attention a été accordée à la physiologie microbienne des communautés bactériennes complexes ou de leurs composants individuels (16, 17, 32, 33, 35, 68). Il est temps que ce déséquilibre soit corrigé. Les lactobacilles pourraient fournir des bactéries modèles pour de telles études physiologiques car leur relation avec l’hôte animal d’élevage (poulets, porcs) est beaucoup mieux définie que celle des autres membres du microbiote (3, 14, 19).

Une grande partie des cellules immunitaires de l’organisme est associée à l’intestin. Chez l’hôte sain, la présence du microbiote est tolérée par le système immunitaire, bien que les mécanismes impliqués ne soient pas précisément connus (10). Néanmoins, on peut en déduire qu’il existe une tolérance envers le microbiote, car les patients humains atteints de maladies inflammatoires de l’intestin et les animaux de laboratoire dont le système immunitaire est dysfonctionnel souffrent d’une inflammation chronique à médiation immunitaire de la muqueuse intestinale (45, 53). De nombreux éléments indiquent que la présence du microbiote est le carburant de cette inflammation latente. La relation microbe autochtone-système immunitaire chez les animaux sains doit donc être une relation de tolérance et nécessite une étude mécaniste. La relation entre le système immunitaire et les microbes allochtones est vraisemblablement très différente, du moins au début, car le système immunitaire est confronté à de nouveaux complexes antigéniques à chaque rencontre avec une souche bactérienne différente. Des rencontres rapprochées et continues avec la même souche, qu’elles soient fortuites (microbiote alimentaire) ou intentionnelles (probiotique), pourraient, on le suppose, engendrer une tolérance. Il a été démontré que les lactobacilles provoquent des réponses des cellules immunitaires, mais la plupart des recherches rapportées n’ont pas réussi à établir une conséquence naturelle pour l’hôte de telles réponses si elles se produisent in vivo (6, 21, 27, 43). Plus précisément, nous ne disposons pas de mesures de l’impact des lactobacilles sur le système immunitaire des humains en bonne santé dans la communauté en ce qui concerne la résistance aux maladies, à part des études préliminaires sur la prévalence de la diarrhée dans les groupes à haut risque (48). Si les probiotiques ne semblent pas avoir d’effet majeur dans la modification de la composition du microbiote intestinal, ils peuvent avoir un rôle dans la manipulation du système immunitaire en relation avec des maladies spécifiques qui ont une étiologie immunologique, comme les maladies inflammatoires de l’intestin et les allergies. Il faut noter que les rapports titillants qui sont apparus à cet égard sont des rapports de petites études émanant de groupes de recherche uniques (15, 29). Lorsque des résultats médicaux sont en jeu, il est nécessaire de mener de vastes essais complets pour prouver l’efficacité dans des groupes de patients très bien définis, dans des lieux géographiques variés avec des mélanges ethniques et des valeurs culturelles différentes.

Les lactobacilles offrent clairement aux microbiologistes des perspectives de recherche passionnantes, tant pour les applications biomédicales que pour l’acquisition de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des cellules bactériennes dans l’écosystème intestinal. En tant que bactéries intestinales modèles, elles peuvent fournir des enseignements sur les mécanismes moléculaires qui définissent l’autochtonie ainsi que sur la compréhension de la physiologie bactérienne en relation avec le bien-être de l’hôte. Pour toutes ces raisons, les lactobacilles devraient rester les favoris de nombreux microbiologistes.