Le discours dialectique du  » gène  » comme unité d’hérédité déduite du phénotype, qu’il s’agisse d’une variable intervenante ou d’une construction hypothétique, semblait réglé avec la présentation du modèle moléculaire de l’ADN : le gène était réduit à une séquence d’ADN qui est transcrite en ARN qui est traduit en un polypeptide ; les polypeptides peuvent se replier en protéines qui interviennent dans le métabolisme et la structure cellulaire, et donc dans la fonction. Cette voie s’est avérée de plus en plus déconcertante à mesure que la régulation des produits et des fonctions était découverte dans le contexte de systèmes cellulaires intégrés. Les philosophes qui s’efforçaient de définir un concept unifié du gène en tant qu’entité de base de la génétique (moléculaire) se sont heurtés à ceux qui proposaient plusieurs « gènes » différents selon les cadres conceptuels des expérimentateurs. Les chercheurs ont de plus en plus considéré les gènes comme des termes génériques pour décrire leurs données empiriques et, grâce à l’amélioration des capacités de séquençage de l’ADN, ces entités étaient en règle générale des séquences nucléotidiques ascendantes qui déterminent des fonctions. Ce n’est que récemment que les empiristes ont repris la discussion sur les considérations conceptuelles, y compris les définitions descendantes des unités de fonction qui, par le biais de mécanismes cellulaires, sélectionnent les séquences d’ADN qui constituent les « empreintes génomiques » des entités fonctionnelles.