Mots-clés

COVID-19 ; Coronavirus ; SARS-CoVs ; MERS-CoV

Introduction

Le COVID-19 est une maladie de type pneumonie. Elle est causée par un nouveau coronavirus, nommé SARS-CoV-2 ; qui est similaire au virus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS).

L’interconnexion à travers le monde a été une aubaine pour le SARS-CoV-2. Sans les avions, les trains et les automobiles, le virus ne serait pas arrivé aussi loin et aussi vite. Au contraire, l’interconnexion peut aussi être sa perte. Car les scientifiques du monde entier se concentrent sur son génome et les 27 protéines qu’il est connu pour produire, approfondissant progressivement leur compréhension et trouvant des moyens de le stopper dans son élan.

Anatomie du COVID-19

Au début, le nouveau virus était appelé 2019-nCoV. Par la suite, les chercheurs du Comité international sur la taxonomie des virus (ICTV) l’ont appelé virus SRAS-CoV-2, car il s’est avéré similaire à celui qui a provoqué l’épidémie de SRAS (SRAS-CoVs).

Les CoVs sont devenus les micro-organismes significatifs de l’infection respiratoire émergente. Les CoVs sont une grande famille de virus à ARN simple brin (+ ARNss) qui peuvent être isolés dans différentes espèces animales. Ils peuvent causer des maladies chez l’homme allant du simple rhume à des maladies plus graves comme le MERS et le SRAS.Le SRAS a très probablement commencé à partir des chauves-souris et s’est ensuite déplacé vers d’autres hôtes mammifères, par exemple, le palmiste de l’Himalaya pour le SRAS-CoV, et le chameau dromadaire pour le MERS-CoV – avant de sauter à l’homme.

Etiologie COVID-19

Les CoVs sont des virus à ARN à brin positif avec une structure en forme de couronne lorsqu’ils sont observés au microscope électronique, en raison de la présence de glycoprotéines en épi sur l’enveloppe. Il existe 4 grandes catégories de coronavirus : Alphacoronavirus (α-CoV),Betacoronavirus (β-CoV), Deltacoronavirus (-CoV), etGammacoronavirus (ƴ-CoV). Seuls les α & β coronavirus sont capables d’infecter les mammifères/humains et selon la caractérisation génomique, il a été révélé que les chauves-souris et les rongeurs sont les sources génétiques des α-CoVs et des β-CoVs. Les espèces aviaires s’avèrent être les sources génétiques des δ-CoVs et ƴ-CoVs et ils ont tendance àinfecter les oiseaux.

7 coronavirus humains (HCoVs) ont été identifiés à ce jour : HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARSCoV(cause le syndrome respiratoire aigu sévère), MERS-CoV(syndrome respiratoire du Moyen-Orient) et maintenant SARS-CoV-2.

SARS-CoV-2 appartient à la catégorie des β-CoVs. Il est généralement de forme ronde/elliptique ou pléomorphe, avec un diamètre ≈ 60-140nm. Il est également sensible à la lumière UV et à la chaleur, comme les autres CoVs.La température d’inactivation du SARS-CoV-2 est d’environ 27° C. Au contraire, il peut également résister au froid en dessous de 0°C. De plus, il peut être inactivé par des solvants lipidiques comme l’éther (75 %), l’éthanol, les désinfectants contenant du chlore, l’acide peroxyacétique et le chloroforme, à l’exception de la chlorhexidine.

On a découvert que la séquence du génome du SARS-CoV-2 est identique à 96,2 % à celle d’un CoV de chauve-souris, RaTG13, alors qu’elle partage 79,5 % d’identité avec le SARS-CoV. Sur la base des résultats du séquençage du génome de ce virus &, l’analyse évolutive, la chauve-souris est soupçonnée d’être un hôte naturel de l’origine de ce virus, et le SARS-CoV-2 pourrait avoir été transmis par les chauves-souris via des hôtes intermédiaires inconnus pour infecter les humains.

Génétique des coronavirus

Coronavirus, ce nom a été inventé car il ressemble à des halos (appelés corons) au microscope électronique.Les coronavirus sont une grande famille de virus à ARN. Le génome typique d’un coronavirus générique est un simple brin d’ARN, d’une longueur de 32 kilobases, et est connu pour être le plus grand génome de virus à ARN. Ces virus se recombinent à une fréquence plus élevée que n’importe quel autre virus à ARN à brin positif, consolidant ainsi volontairement les informations génétiques de diverses sources lorsqu’un hôte est infecté par plusieurs coronavirus. En d’autres termes, les coronavirus mutent et changent à un rythme élevé, ce qui entraîne un ahavoc à la fois pour la détection diagnostique, et les régimes de thérapie (et de vaccin).

Les coronavirus ont un processus de réplication très inhabituel,impliquant un mécanisme de réplication en 2 étapes. Quelques génomes de virus à ARN contiennent un seul cadre de lecture ouvert (ORF), qui est ensuite traduit en une seule polyprotéine, cette polyprotéine estcatalytiquement clivée en protéines virales fonctionnelles plus petites. Mais les coronavirus contiennent jusqu’à 10 ORF individuels. La plupart des ribosomes traduisent le plus grand de ces ORF, appelé réplicase, qui équivaut à lui seul à deux fois la taille des autres génomes viraux des coronavirus. Ce gène de la réplicase code pour une série d’enzymes qui utilisent le génome restant comme modèle pour produire une combinaison de molécules d’ARN messager plus petites et superposées, qui sont ensuite traduites en protéines structurelles (les éléments constitutifs des nouvelles particules virales).