En 1592, la persécution fut renouvelée, et plusieurs convertis japonais reçurent la couronne du martyre. L’empereur Tagcosama, un des hommes les plus orgueilleux et les plus vicieux, fut travaillé dans la rage et la jalousie par un soupçon suggéré par certains marchands européens désireux du monopole de ce commerce, que la vue des missionnaires en prêchant la foi chrétienne était de faciliter la conquête de leur pays par les Portugais ou les Espagnols.

Trois jésuites et six franciscains furent crucifiés sur une colline près de Nangasaqui en 1597. Ces derniers étaient en partie espagnols et en partie indiens, et avaient à leur tête F. Pierre Baptiste, commissaire de son ordre, originaire d’Avila, en Espagne. Quant aux Jésuites, l’un d’entre eux était Paul Miki, un noble Japonais et un éminent prédicateur, âgé à l’époque de trente-trois ans. Les deux autres, John Gotto et James Kisai, avaient été admis dans la Compagnie en prison peu avant de souffrir. Plusieurs convertis japonais ont souffert avec eux. Les martyrs étaient au nombre de vingt-six, et parmi eux trois garçons qui servaient les frères à la messe ; deux d’entre eux avaient quinze ans, et le troisième douze seulement, mais tous montraient beaucoup de joie et de constance dans leurs souffrances. Parmi ces martyrs, vingt-quatre avaient été amenés à Meaco, où seule une partie de leur oreille gauche fut coupée, par atténuation de la sentence, qui avait ordonné l’amputation de leur nez et de leurs deux oreilles. Ils furent conduits à travers de nombreuses villes et lieux publics, les joues tachées de sang, pour servir de terreur aux autres. Lorsque les vingt-six soldats du Christ arrivèrent au lieu d’exécution près de Nangasaqui, on leur permit de se confesser à deux jésuites du couvent de cette ville, puis, attachés à des croix par des cordes et des chaînes aux bras et aux jambes, et un collier de fer au cou, ils furent élevés dans les airs, le pied de chaque croix tombant dans un trou préparé à cet effet dans le sol. Les croix étaient plantées en rang, à environ quatre pieds de distance, et chaque martyr avait près de lui un bourreau avec une lance prête à lui transpercer le côté ; car telle est la manière japonaise de crucifier. Dès que toutes les croix furent plantées, les bourreaux levèrent leurs lances, et à un signal donné, tous transpercèrent les martyrs presque au même instant ; ils expirèrent alors et allèrent recevoir la récompense de leurs souffrances. Leur sang et leurs vêtements furent obtenus par des chrétiens, et des miracles furent accomplis par eux. Urbain VIII les rangea parmi les martyrs, et on les honore le 5 février, jour de leur triomphe.