Bacillus subtilis est une bactérie du sol gram-positive, aérobie, sporulée, omniprésente dans l’environnement. Les effets bénéfiques des spores de B. subtilis sur l’équilibre de la microflore intestinale sont la raison de son utilisation générale comme préparation probiotique dans le traitement ou la prévention des troubles intestinaux. Les spores de B. subtilis sont disponibles en Italie sous forme de préparation pharmaceutique à usage oral. Chaque dose contient un mélange de 109 spores de quatre dérivés distincts résistants aux antibiotiques de ATCC 9799 (Enterogermina ; distribué par Sanofi Winthrop, Milan, Italie) (1, 4) par flacon. Le potentiel pathogène deB. subtilis est généralement décrit comme faible ou absent (2). Les données sur l’importance générale des infections dues à B. subtilis sont incomplètes, car la plupart des laboratoires de microbiologie ont pour pratique générale d’écarter ces souches ou de les signaler comme des contaminants. De plus, dans les statistiques sur les causes de décès de l’Organisation mondiale de la santé, aucune donnée sur les infections à B. subtilis n’est présente car, même si elles étaient signalées, elles seraient « invisibles » au niveau comparatif international en raison du codage utilisé pour la classification des causes de décès (2a). Dans la littérature, seuls quelques cas d’infections dues à B. subtilis sont rapportés (3, 6-8, 10) et une seule étude rétrospective décrit l’isolement de souches de B. subtilis résistantes aux antibiotiques (6).

Le sujet de notre rapport est un homme de 73 ans atteint d’une leucémie lymphocytaire chronique (nombre de leucocytes, 46 000/mmc avec 4 % de formes segmentées, 92 % de lymphocytes et 4 % de monocytes) qui a été admis à l’hôpital en raison d’une forte fièvre (40°C), d’une confusion mentale et d’une diarrhée (pendant toute la période d’hospitalisation, le patient n’avait pas de cathéter central en place). Le traitement préhospitalier (plus d’un mois) avec des spores de B. subtilis (Enterogermina) (EG) a été interrompu lors de l’admission du patient à l’hôpital. À l’examen physique, le patient présentait une hépatosplénomégalie et de multiples épaississements pulmonaires étaient visibles sur la radiographie du thorax. Il avait une mentalité et une élocution lentes mais aucun déficit neurologique focal. Les hémocultures réalisées en trois exemplaires (au jour 1) étaient positives pour B. subtilis. Le traitement à l’imipénem (jours 1 à 16) a apparemment résolu l’épisode infectieux, bien qu’une légère fièvre ait persisté, peut-être en raison du trouble lymphoprolifératif. Après deux semaines d’hospitalisation, le patient s’est présenté à nouveau avec une forte fièvre et une confusion mentale. Les hémocultures ont été répétées (jours 16 et 19), et B. subtilis était présent dans les deux cultures. Une antibiothérapie combinée (ceftazidime, amikacine et vancomycine, auxquelles les deux souches étaient sensibles) a été mise en place, ainsi que des immunoglobulines administrées par voie intraveineuse, et la fièvre a rapidement diminué. Néanmoins, le patient a montré une détérioration progressive de son état mental, toujours sans signes neurologiques focaux. A ce stade, des cellules lymphoïdes ont été détectées dans le liquide céphalo-rachidien (le liquide céphalo-rachidien n’a pas été mis en culture), et le patient est décédé quelques jours plus tard (jour 25), probablement en raison d’une atteinte du système nerveux central.

Les souches de B. subtilis isolées lors des épisodes de fièvre des jours 1 et 19 présentaient une résistance à la pénicilline, à l’érythromycine, à la rifampicine et à la novobiocine. L’isolat provenant de l’hémoculture du jour 16 était différent, étant sensible à la rifampicine et à la novobiocine et résistant au chloramphénicol. En raison du schéma inhabituel de résistance aux agents antimicrobiens (5), les trois isolats ont été comparés aux souches de B. subtilis isolées de l’EG. Les souches isolées les jours 1 et 19 présentaient un profil de résistance aux antibiotiques identique à celui de l’isolat EG résistant à la rifampicine et à la novobiocine (EG-RN), tandis que la souche isolée au jour 16 présentait un profil de résistance identique à celui de la souche EG résistante au chloramphénicol (EG-CM). Le typage des souches par antibiogramme a été confirmé par deux autres sources de données. Les profils biochimiques (API 50CH et API 20E ; bioMérieux) ont permis de distinguer l’isolat clinique résistant à la rifampicine et à la novobiocine et la souche EG-RN (gélatinase négative) de l’isolat clinique résistant au chloramphénicol et de la souche EG-CM (gélatinase positive). La technique de l’ADN polymorphe amplifié au hasard (9) a clairement confirmé la différence clonale, mettant en évidence des schémas d’amplification de l’ADN distincts pour les souches résistantes au chloramphénicol et pour les souches résistantes à la rifampicine et à la novobiocine (Fig. 1).