Les criminels de Gotham City ont peur, car Batman assure la sécurité des bons citoyens de Gotham. Le film s’ouvre sur une bande d’hommes portant des masques de clowns qui s’introduisent dans la banque où la pègre garde une grande partie de son argent. Le cerveau du casse est un certain Joker. A la fin du casse, le Joker arrive et met une grenade dans la bouche du directeur de la banque.

Non conscients de la présence du Joker dans leur ville, Batman et le nouveau procureur, Harvey Dent, travaillent aux côtés du lieutenant Gordon pour mettre définitivement hors d’état de nuire les dernières entreprises de blanchiment d’argent de la pègre. Ils pensent avoir définitivement arrêté le blanchiment et le crime dans la ville – jusqu’à ce que le Joker se présente pour semer le chaos. Le Joker assassine un juge, pose une bombe dans un hôpital et le fait exploser, et commence à assommer les innocents de Gotham un par un jusqu’à ce que Batman révèle son identité.

Batman est déterminé à se défendre contre le Joker. Pendant un certain temps, il semble garder le dessus, jusqu’à ce que sa meilleure amie Rachel, qui se trouve être aussi la petite amie de Harvey Dent, soit tuée dans des tirs croisés. Lorsque la moitié du visage de Harvey Dent est brûlée dans une explosion, le Joker le fait basculer du côté obscur, l’encourageant à se venger de la mort de Rachel. Harvey adopte un nouveau nom, Double-Face, et Batman se retrouve avec deux fous à affronter alors que la destruction de Gotham se profile à l’horizon.

Le Joker a clairement planifié sa prise de contrôle de Gotham depuis un certain temps, et semble avoir au moins deux longueurs d’avance sur Batman à chaque tournant. Après avoir libéré une menace pour toute la ville de Gotham, il réquisitionne deux ferries et en remplit un avec des citoyens et l’autre avec des criminels condamnés. Il remplit également les deux ferries d’explosifs. Il donne à chaque bateau un détonateur principal qui fera exploser l’autre ferry. Si personne ne fait exploser l’autre bateau avant minuit, il fera sauter les deux bateaux. Batman parvient finalement à maîtriser le clown maléfique et aucun des passagers des ferries n’est blessé.

Harvey est toujours du côté du Joker, ce que Batman n’a pas réalisé dans sa hâte d’abattre le Joker lui-même. Alors que Batman a affronté le Joker, Gordon apprend que sa famille a été prise en otage par Two-Face. Lorsque Gordon va les sauver, Double-Face l’assomme, puis s’empare de son petit garçon, Jimmy, avec l’intention de tirer à pile ou face pour décider du sort du garçon par hasard. Soudain, Batman arrive et lui ordonne d’arrêter, lui disant qu’il blâme les mauvaises personnes pour la mort de Rachel. Double-Face tire alors à pile ou face pour Batman. Elle tombe du côté sale, alors il le tue. Il la tire à pile ou face pour lui-même. Elle tombe du bon côté. Puis il reprend son plan original et la retourne pour le petit Jimmy. Dans le moment définitif, Batman se relève et tacle Double-Face, le faisant tomber par-dessus une corniche.

Batman déplore le fait que le Joker ait quand même gagné parce qu’il a corrompu Harvey Dent, divisé leur alliance pour de bon et détruit l’une des meilleures personnes de Gotham. Si les habitants de Gotham découvrent un jour les torts commis par Double-Face, l’avenir de Gotham sera compromis. Ainsi, Batman décide d’endosser la responsabilité des meurtres que Dent a commis en tant que Double-Face, afin que le Joker ne puisse pas gagner et que la ville reste paisible.

Gordon est vu en train de détruire le Bat-symbole au-dessus du bâtiment du MCU, puis commence à poursuivre Batman, qui s’enfuit. Gordon dit à son fils que si Dent était le héros dont Gotham avait besoin, Batman est le héros que Gotham mérite. Une chasse à l’homme est lancée contre Batman, qui s’enfuit à toute vitesse dans son Batpod. Gordon déclare : « C’est un gardien silencieux. Un protecteur vigilant. Un chevalier noir. »