A második világháború kitöréséig a Challenger az Egyesült Királyság, Labrador, Nyugat-India és Kelet-India körüli vizeket vizsgálta. 1932. szeptember 23-án az Új-Foundlandi Dominiumban lévő Labradorban (56°28′30″N 61°10′00″W / 56.47500°N 61.16667°W), Ford’s Harbour-tól 6 tengeri mérföldre (11 km) északra sziklának ütközött, és partra futott. Később újra elsüllyesztették.

1939-től 1942-ig hazai vizeken és konvojkísérőként szolgált. 1941 júniusában és júliusában három Flower-osztályú korvettel együtt kísérte az Anselm csapatszállító hajót Nagy-Britanniából a Sierra Leone-i Freetownba tartó úton. Amikor a csapatszállító hajót megtorpedózták az Azori-szigetektől északra, a Challenger és a HMS Starwort korvett több száz túlélőt mentett ki, majd átszállította őket a HMS Cathay felfegyverzett kereskedelmi cirkálóra.

1942-től 1946-ig a Challenger az Indiai-óceánon és a Csendes-óceán nyugati részén végzett felméréseket. A hajó 1946-ban visszatért Chathambe, ahol felújították, majd 1946 végén visszatért a Perzsa-öbölbe. 1947-ben elhagyta az Öblöt, és Ciprusra ment, ahol egy parti csoport naplózta az árapályokat. Ezután Gibraltárba ment egy újabb szárazdokkban történő felújításra.

1947 decemberében a Challenger és a két romboló, a Cockade és a Contest emberei Adenben szálltak partra, hogy helyreállítsák a rendet a zsidóellenes zavargásokat követően.

1950 és 1953 között a hajó világkörüli útra indult, amely magában foglalta a nyugat-indiai és a távol-keleti felméréseket is. Ezen a küldetésen, 1951-ben Challenger felmérte a Guam melletti Mariana-árkot, beleértve az óceánok legmélyebb ismert pontját, amely 11 033 méter mélységű a maximumánál, 11°21′N 142°12′E / 11.350°N 142.200°E közelében. Ez a pont a Challenger Deep nevet kapta, miután 1875-ben egy korábbi HMS Challenger expedíció során először felmérték. 1954 januárjában a Challenger visszatért Nagy-Britanniába, kifizették a tartozását, és Doverben szétbontották.