A Habsburg-házból származó II. Ferdinánd szent római császár, cseh király, magyar és horvát király volt. II Károly belső-ausztriai főherceg és Mária bajor főhercegnő fia volt. Szülei hívő katolikusok voltak, és 1590-ben az ingolstadti jezsuiták kollégiumába küldték tanulni, mert el akarták különíteni a lutheránus nemesektől. Ugyanezen év júliusában, amikor Ferdinánd 12 éves volt, apja meghalt, és ő örökölte Belső-Ausztriát – Stájerországot, Karintiát, Kárpátalját és kisebb tartományokat. Unokatestvére, a gyermektelen II. Rudolf szent római császár, aki a Habsburg család feje volt, régenseket nevezett ki e területek igazgatására.
Ferdinándot 1596-ban és 1597-ben beiktatták Belső-Ausztria tartományainak tényleges uralkodójává. Unokatestvére, II. Rudolf megbízta őt Horvátország, Szlavónia és Délkelet-Magyarország védelmének irányításával is az Oszmán Birodalom ellen. Ferdinánd a vallási kérdések szabályozását királyi előjognak tekintette, és 1598-tól szigorú ellenreformációs intézkedéseket vezetett be. Először is elrendelte az összes protestáns lelkész és tanító kiutasítását; ezután külön bizottságokat hozott létre a katolikus egyházközségek helyreállítására.