A diploma megszerzése után Rowling Londonba költözött, és egy sor munkahelyen dolgozott, többek között az Amnesty International kutatójaként.
Rowlingnak először a Manchesterből London King’s Crossra tartó vonaton való késés közben jutott eszébe a Harry Potter ötlete 1990-ben. A következő öt évben elkezdte megtervezni a sorozat hét könyvét, számos jegyzetet gyűjtve, amelyek közül sokan papírfoszlányokon voltak.
Rowling 1990-ben Portugáliába költözött, hogy angolt tanítson, és magával vitte a jegyzeteit. Ott ismerkedett meg Jorge Arantes portugál újságíróval, akihez feleségül ment. A pár lánya, Jessica 1993-ban született. Miután házassága válással végződött, Rowling visszatért az Egyesült Királyságba, hogy Edinburgh-ban éljen Jessicával és egy bőrönddel, amelyben a Harry Potter és a Bölcsek köve első három fejezete volt.
A Harry Potter és a Bölcsek köve nagy részét Edinburgh kávéházaiban írta, miközben Rowling és lánya segélyből élt. Rowling az első könyvet akkor fejezte be, amikor tanárnak készült. Edinburgh-i iskolákban tanított, amikor a Harry Potter és a bölcsek köve kézirata a Bloomsbury Kiadónál kötött ki, a szerző által “rengeteg” elutasítás után.
A könyv volt Harry Potter első bemutatkozása, a fiatal varázslóé, aki 11. születésnapján fedezi fel varázslói örökségét, amikor felvételi levelet kap a Roxfort Boszorkány- és Varázslóképző Iskolába.
Harry az iskolában töltött első éve alatt közeli barátokra és néhány ellenségre tesz szert, és barátai segítségével Harry szembeszáll a sötét varázsló, Lord Voldemort visszatérési kísérletével, aki megölte Harry szüleit, de nem tudta megölni Harryt, amikor az mindössze 15 hónapos volt.
A Bölcsek kövét a Bloomsbury 1997-ben adta ki 1000 példányban, amelyből 500 példányt könyvtáraknak osztottak szét. Ma az ilyen példányok értéke 16 000 és 25 000 font között mozog.
A könyv először J. K. Rowling néven jelent meg. A “K” a Kathleen, Rowling apai nagymamájának nevét jelenti. Ezt a kiadója kérésére tették hozzá, aki úgy gondolta, hogy egy nyilvánvalóan női szerző könyve nem fog tetszeni a fiatal fiúkból álló célközönségnek.
A Harry Potter-sorozat második könyve, a Harry Potter és a titkok kamrája 1998-ban jelent meg, majd 1999-ben Rowling sorozatának harmadik könyve, a Harry Potter és az azkabani fogoly. A sorozat negyedik kötete, a Harry Potter és a tűz serlege 2000-es megjelenésekor minden idők leggyorsabban fogyó könyve lett 24 óra alatt.
2001-ben jelent meg a Warner Bros. gondozásában az első könyv filmadaptációja Daniel Radcliffe, Emma Watson, Alan Rickman, Robbie Coltrane és Ralph Fiennes főszereplésével. Ugyanebben az évben Rowling feleségül ment Dr. Neil Murray aneszteziológushoz a pár skóciai otthonában. A párnak két közös gyermeke van, David (született 2003-ban) és Mackenzie (született 2005-ben).
A nagy sikerű Harry Potter-sorozat folytatásaként Rowling 2003-ban megjelentette az ötödik részt, a Harry Potter és a Főnix Rendjét. A Harry Potter és a félvér herceg 2005-ben következett, míg az utolsó könyv, a Harry Potter és a Halál ereklyéi 2007-ben jelent meg.
Rowling minden egyes Harry Potter-könyvét további hét nagyszabású filmadaptáció követte, amelyek 2011-ben a nyolcadik film, a Harry Potter és a halál ereklyéi 2. rész megjelenésével zárultak.
2014-ben Rowling a Pottermore weboldalán közzétett egy rövid történetet a felnőtt Harry Potterről és egy rogwarti osztálytalálkozóról. Az oldal indulása óta további történeteket és információkat tett hozzá minden Harry Potterrel kapcsolatos dologról.
2017-ben Rowling a honlapján bejelentette, hogy két új könyvet ad ki a British Libraryben megrendezésre kerülő kiállításra, amely első regénye, a Harry Potter és a bölcsek köve megjelenésének 20. évfordulóját ünnepli.
A könyvek, Harry Potter: A varázslat története (a felnőtt változatnak nevezett) és a Harry Potter: A Journey Through a History of Magic (a gyerekbarát változat) című könyvek ugyanezen év október 20-án jelentek meg, és kéziratokat, eredeti illusztrációkat, valamint a Harry Potter-figurák és a mágia felfedezését tartalmazzák.