Az alloszterikus moduláció hatékony utat biztosít a szelektív és hatékony enzimgátláshoz. A következőkben összefoglaljuk és kritikusan megvitatjuk az alloszterikus részleges agonisták mechanizmusával kapcsolatos legújabb eredményeket három reprezentatív, ciklikus nukleotidok által aktivált jelátviteli enzim esetében: a cAMP-függő fehérjekináz (PKA), a cGMP-függő fehérjekináz (PKG) és a cAMP által aktivált cserefehérje (EPAC). A PKA, a PKG és az EPAC részleges agonizmusának összehasonlító elemzése egy közös feltáruló témát tár fel, azaz a különböző “kevert” konformációs állapotok mintavételezését, akár egyetlen doménen belül, akár különböző domének között. Itt bemutatjuk, hogy az ilyen “kevert” állapotok döntő szerepet játszanak a megfigyelt funkcionális válasz, azaz a részleges agonizmus és az alloszterikus pluripotencia magyarázatában, valamint a gátlás maximalizálásában, miközben minimalizáljuk a hatékonyságveszteséget. Ezenkívül a nukleáris mágneses rezonancia (NMR), a molekuladinamikai (MD) szimulációk és az Ensemble Allosteric Modeling (EAM) kombinálásával azt is megmutatjuk, hogyan lehet feltérképezni a “kevert” állapotokat tartalmazó konformációs együttesek szabadenergia-tájképét. Kiválasztott esettanulmányok bemutatásával illusztráljuk, hogy az MD-szimulációk és az EAM hogyan egészítik ki az NMR-t a fehérjedinamika és a funkció kvantitatív összekapcsolása érdekében. Az így kapott NMR- és MD-alapú EAM-ok várhatóan nem csak a nagy szelektivitású alloszterikus inhibitorok új generációinak tervezéséhez, hanem a multidrog-kombinációk kiválasztásához is segítséget nyújtanak.