Jean Baptiste Charbonneau 1805. február 11-én született Mandan erődben, Touissant Charbonneau francia-kanadai tolmács és felesége, Sacagawea shoshone fia.
Lewis és Clark 1804 októberében érkezett a Hidatsa-Mandan területre, és az idősebb Charbonneau-t és Sacagaweát alkalmazta tolmácscsapatként. A kapitányok megtudták, hogy a shoshonéknak nagy lócsordájuk van. Nagyon szerették volna, ha Sacagawea, aki beszélt shoshoneul, velük tart, hogy tárgyaljanak a nyugati hegyeken való átkeléshez szükséges lovakról, annak ellenére, hogy ekkor már hat hónapos terhes volt.
Mialatt az expedíció a Mandan erődben telelt, Lewis 1805. február 11-én a következőképpen jegyezte fel Jean Baptiste születését: Ma este öt óra körül Charbonneau egyik felesége egy szép fiút szült. Érdemes megjegyezni, hogy ez volt az első gyermek, akit ez az asszony szült, és ahogy az ilyen esetekben lenni szokott, a vajúdás hosszadalmas volt, a fájdalom pedig heves. Mivel Lewis arra támaszkodott, hogy a nő tolmácsként szolgál a shoshone-okkal, aggódott a biztonságos szülésért. Hogy segítsen a nőnek világra hozni a gyermeket, tanácsot adott másoknak, majd egy kis víz és egy csörgőkígyó összezúzott karikáinak keverékét adta be neki, hogy segítse a szülés megindítását. Bár Lewis szkeptikus volt ezzel a kezeléssel kapcsolatban, a naplója szerint a nő röviddel a csörgőkígyó főzet elfogyasztása után megszülte gyermekét: Hogy valóban ez a gyógyszer volt-e az oka vagy sem, nem vállalkozom annak megállapítására, de… nem vett be többet tíz percnél, mielőtt megszült.”
A 33 tagú expedíció legújabb tagja, Jean Baptiste egészséges és aktív fiú volt, Clark nagy kedvence, aki a Pomp és Pompy becenevet adta neki, a nagyképű kis táncos fiú bohóckodásai miatt. Az 55 napos Jean Baptiste 1805. április 7-én, édesanyjával egy pirogon (folyami csónak) utazva csatlakozott az expedícióhoz, amikor a hadtest elhagyta Fort Mandant, hogy folytassa útját a Sziklás-hegység és a Sacagaweas nép felé.
A gyermekkori betegségekre fogékony Baptiste súlyos betegségben szenvedett a visszaút során, 1806 tavaszán. Miközben a hadtestet késleltette a Bitterroot-hegységen átvezető Lolo Trail-t elborító mély hó, a fiú magas lázat kapott, nyaka és torka pedig megduzzadt, ami talán mumpszra vagy mandulagyulladásra (és talán fogzásra) utalt. A kapitányok a nyakára vadhagymából készült borogatást és a hosszúlevelű fenyő rozsójából, bézsviaszból és medveolajból keverve készített sarve (kenőcs) tapaszt alkalmaztak, aminek eredményeként két és fél héten belül meggyógyult.
Clark egy kis különítmény élén, amelynek tagja volt a Charbonneau család is, a visszaút során felfedezte a Yellowstone folyót. 1806. július 25-én a folyó déli partján egy szokatlan, szabadon álló homokkő képződményre bukkantak, amelyet Clark kapitány a másfél éves Jean Baptiste után Pompys Towernek nevezett el. A ma Pompeys-oszlopnak nevezett, Clark egy védett, természetes túlnyúlvány alá vésette saját nevét és a július 25-i dátumot, a születésnapját. Clark vésetét, amelyet ma egy törhetetlen üvegpajzs alatt őriznek, tekintik az egyetlen maradandó fizikai bizonyítéknak, amelyet a hadtest az út során a tájban hagyott. Az oszlopon kívül Clark egy közeli patakot Baptiests Creeknek nevezett el a fiú tiszteletére.
A kisfiú ellenállhatatlan szeretetet ébresztett Clark szívében. Augusztus 17-én, amikor a hadtest visszaérkezett a Hidatsa-Mandan falvakba, és elbúcsúzott a Charbonneau családtól, Clark felajánlotta, hogy saját fiaként neveli fel a gyermeket. Mivel azonban Jean Baptiste még nem volt elválasztva, úgy döntöttek, hogy a fiú szülei egy későbbi időpontban hozzák el Clarkhoz. Touissant Charbonneau-nak írt levelében, amelyet akkoriban bocsátottak el a hadtesttől, Clark a következőket írta:
A kisfiadról (az én fiamról, Pompról) jól tudod, hogy mennyire szeretem őt, és mennyire vágyom arra, hogy saját gyermekemként fogadjam és neveljem fel. Még egyszer mondom neked, ha elhozod hozzám a fiadat, Baptiest, én nevelni fogom és úgy bánok vele, mint a saját gyermekemmel – nem felejtem el az ígéreteimet, amelyeket neked tettem, és most megismétlem őket, hogy biztos lehetsz benne – Charbono, ha a fehérekkel akarsz élni, és hozzám jössz, adok neked egy darab földet és ellátlak lovakkal, tehenekkel, & disznókkal…Nagy szerencsét kívánok neked és a családodnak & azzal a nyugtalan várakozással, hogy láthatom az én kis táncos fiamat Baptiest, a barátod maradok.
1809-ben Touissant Charbonneau és Sacagawea lefelé utazott a Missourin St. Louisba Jean Baptiste-tal. Toussaint az expedíció összes besorozott emberével együtt mindannyian 320 holdnyi földet kaptak. Ez, valamint a tolmácsszolgálataiért kapott 533,33 dolláros utalvány (Sacagawea nem kapott semmit) valóban vagyont jelentett egy ilyen korlátozott gazdasági erőforrásokkal rendelkező ember számára. Toussaint azonban nem volt olyan vérmérsékletű, hogy földet műveljen, és 1811. március 26-án 100,00 dollárért átruházta földtulajdonjogát Clarkra. Áprilisban ő és Sacagawea felszálltak egy Missouri Fur Company bárkára, amely a Missouri felső vidékére tartott, Baptiste-ot pedig Clark gondjaira bízták, hogy a fiú megkezdhesse tanulmányait.
A St. Louis-i iskolai tanulmányok befejezése után Baptiste visszatért a határvidéki életbe. 1823-ban, 18 éves korában, miközben a Kansas folyó torkolatánál lévő kereskedőfaluban élt, találkozott a németországi Württemberg herceggel, Pál Vilmos herceggel, aki tudományos küldetésen tartózkodott Amerikában. Baptistes a határvidéki képességek és a műveltség szokatlan kombinációja lenyűgözte a herceget, aki pártfogásába vette. A fiatalember elkísérte Pált Európába, ahol megismerkedett a német udvar kifinomult, arisztokratikus környezetével. Baptiste hat éven át élvezte a királyi életmódot, négy nyelven folyékonyan beszélt, és olyan háttérre tett szert, amely később a nyugati határvidék kulturális anomáliájává tette.
Amikor 1829-ben visszatért Amerikába, félretette kulturált modorát, és belecsöppent a hegyi emberek durva és zord életébe. Bejárta az amerikai nyugatot hosszában és szélességében, vadászott, csapdát állított, kalauzolt és felfedezett. 1846-1847-ben a mormon zászlóalj számára felderítette a nyugati utat Új-Mexikótól Kaliforniáig. 1847-ben leszerelték, majd kinevezték a San Luis Rey misszió alcalde-jának, ami egy magisztrátuséhoz hasonló tisztség volt.
A földbirtokosok egyes indiánokkal szembeni visszaélései (akiket gyakorlatilag rabszolgaként kezeltek) felzaklatták, ezért lemondott hivatali kötelezettségeiről, és belekeveredett a kaliforniai aranyláz őrjöngésébe. Nyilvánvalóan nem lett gazdag, mivel 1861-ben szállodai alkalmazottként jegyezték fel a kaliforniai Auburnben. 1866-ban két társával együtt elhagyta Auburnt, és Montana új aranylelőhelyei felé vette az irányt. Útközben Jean Baptiste 61 éves korában tüdőgyulladásban meghalt, és egy távoli, primitív temetőben temették el az oregoni Danner aprócska Jordan-völgyi faluban. 1973. március 14-én a sírhelyét felvették a Történelmi Helyek Nemzeti Jegyzékébe.