A “gén” mint a fenotípusból levezetett öröklődési egység, akár beavatkozó változó, akár hipotetikus konstrukció dialektikus diskurzusa a DNS molekuláris modelljének bemutatásával rendeződni látszott: a gén egy DNS-szekvenciára redukálódott, amely átíródik RNS-vé, amelyet polipeptiddé fordítanak; a polipeptidek fehérjékké hajthatók, amelyek részt vesznek a sejtek anyagcseréjében és szerkezetében, és így a működésben. Ez az út annál zavarba ejtőbbnek bizonyult, minél inkább feltárták a termékek és funkciók szabályozását az integrált sejtrendszerek összefüggéseiben. A gén mint a (molekuláris) genetika alapegysége egységes fogalmának meghatározásán fáradozó filozófusok szembekerültek azokkal, akik a kísérletezők fogalmi keretei szerint több különböző “gént” javasoltak. A kutatók egyre inkább úgy tekintettek a génekre, mint az empirikus adataik leírására szolgáló általános kifejezésekre, és a DNS-szekvenálási kapacitások javulásával ezek az entitások rendszerint alulról felfelé irányuló, funkciókat meghatározó nukleotidszekvenciák voltak. Csak a közelmúltban tértek vissza az empirikusok a fogalmi megfontolások megvitatására, beleértve a funkcióegységek felülről lefelé történő meghatározását, amelyek sejtmechanizmusok révén választják ki azokat a DNS-szekvenciákat, amelyek a funkcionális entitások “genomikus lábnyomát” alkotják.