Nem sok tapasztalatom van, mivel még csak a második végigjátszásomnál tartok, azonban eddig megfigyeltem –
Ha csatlakozol a Minutemenhez, a végén a Vasúttal fogsz szövetkezni, és a végén elpusztítod az Acél Testvériséget és az Intézetet.
Továbbá, ha már végigjártad a Minutemen küldetéseket (a vár visszafoglalásáig bezárólag), akkor a küldetés során, ahol az Intézet megpróbálja “meghívni” Wallace-t, hogy csatlakozzon a Biosciences csapatukhoz, akkor a Minutemen lesz az, aki válaszol Wallace segélyhívására (ezzel lehetőséget adva neked, hogy lebeszéld őket erről). Ha nem csatlakoztál a Minutemenekhez, akkor a Gunners fognak megjelenni, hogy válaszoljanak Wallace segélykérésére. A Minutemen történetének előrehaladtával a tüzérség feloldása mellett számos kóborló Minutemen csoport is járőrözni fog a pusztaságban.
Ha csatlakozol az Acél Testvériséghez, hadat üzentek az Intézet és a Vasút ellen, miközben a Minutemenekkel szövetkeztek.
Ha csatlakozol a Vasúthoz, akkor a Minutemenekkel leszel szövetséges, és elpusztítod az Acél Testvériséget és az Intézetet.
Ha csatlakozol az Intézethez, akkor szövetséges leszel a Minutemenekkel, és elpusztítod a Vasúttársaságot és az Acéltestvériséget.
Miután befejezted a történetet az Intézettel szövetkezve, szintetikusok csoportjai kezdenek megjelenni szerte a Commonwealthben, és bejelentik, hogy az Intézet mostantól az irányítás alatt áll – különböző ellenőrző pontokat is felállítanak, és a pusztaságban járkálva mutánsokat és raidereket ölnek. A különböző társak, akiket a végigjátszásom során használtam, nem bánták, hogy az Intézet oldalára álltam, azonban arra számítok, hogy Deacon és Danse talán (mivel elpusztítottad a frakciójukat).
Függetlenül attól, hogy melyik döntést hozod,
“Apa” meghal, azonban a cutscene más lesz, ha nem vagy az Intézet szövetségese. Ha megtámadod az Intézetet, akkor elveszíted azt, mint gyors utazási helyszínt. Azok a frakciók, amelyeket kiirtasz, nem lesznek elérhetőek a küldetésekhez az utolsó vágókép után.