A Missouri Zsinat honlapja három fő területet határoz meg, amelyeken a Missouri Zsinat (LCMS) és az Amerikai Evangélikus-Lutheránus Egyház (ELCA) között különbségek vannak:
1. A Szentírás tanítása és tekintélye – Az LCMS hiszi, hogy a Biblia mindenben tévedhetetlen, amit mond. Az ELCA kerüli az ilyen kijelentéseket, és azt vallja, hogy a Szentírás nem feltétlenül mindig pontos olyan kérdésekben, mint a történelem és a tudomány. Az LCMS és az ELCA között a Szentírás tekintélyével kapcsolatban fennálló különbségek azt is magyarázzák, hogy az LCMS miért nem szenteli fel a nőket (az 1Kor 14:33-36, 1Tim 2:11-14 alapján), miért tartja a homoszexuális viselkedést Isten akaratával ellentétesnek (Róma 1:18-28, 1Kor 6:9), és miért nem engedélyezi a gyakorló homoszexuálisok felszentelését.
2. A lutheri hitvallási írások iránti elkötelezettség – Az ELCA, miközben megerősíti a lutheri hitvallásokban tanúskodó Jézus Krisztus evangéliuma iránti elkötelezettségét, hajlamos ezen írások történeti jellegét is hangsúlyozni, és fenntartja a hitvallási álláspontoktól való eltérés lehetőségét, amelyek nem foglalkoznak közvetlenül magával a szűk értelemben vett evangéliummal. Másrészt minden LCMS lelkipásztornak meg kell erősítenie, hogy a lutheri hitvallások a Szentírás tanításának helyes magyarázata.
3. Az egy egyházi testben való egyesüléshez szükséges egyetértés szintje – Míg az LCMS úgy véli, hogy a Biblia megköveteli az egyetértést mindenben, amit a Biblia tanít, az ELCA úgy véli, hogy egyes tanbeli kérdésekben, mint például Krisztus jelenlétének módja a szentáldozásban, az egyet nem értés nem tiltja az egyházi közösséget.
A Wisconsini Evangélikus-Lutheránus Zsinat (WELS) tekintetében pedig a Missouri Zsinat a következő különbségeket azonosítja az ő szemszögéből:
1. A közösség bibliai értelmezése – A WELS az általa “egységfogalomnak” nevezett közösséget vallja, amely a közös hit minden közös kifejezésére, megnyilvánulására és demonstrációjára kiterjed. Az LCMS a gyülekezeti közösséget különböző szinteken lehetségesnek látja, pl. az imaközösség (amely nem igényel teljes tanbeli egyetértést) akkor is lehetséges, ha az oltár- és szószéki közösség (amely teljes tanbeli egyetértést igényel) esetleg nem lehetséges.
2. A szolgálat tana – Az LCMS számára a Szentírás szerint a nyilvános szolgálat (a lelkészi hivatal) az egyetlen isteni
alapítású hivatal az egyházban, míg az egyháznak megvan a szabadsága arra, hogy időről időre emberi intézmény útján más hivatalokat hozzon létre, amelyek segítik a lelkészi szolgálat feladatainak ellátását. A WELS “Tézisei az egyházról és a szolgálatról” azonban kifejezetten tagadják, hogy a lelkipásztori szolgálatot az Úr kifejezetten beiktatta, ellentétben a közszolgálat más formáival.
3. A nők szerepe az egyházban – Bár mind az LCMS, mind a WELS határozottan ellenzi a nők lelkipásztori tisztségre való felszentelését szentírási alapon, az LCMS arra a következtetésre jutott, hogy a Szentírás nem tiltja a nők választójogát az egyházban. A WELS ellenzi a női választójogot az egyházban, mivel az ellentétes a Szentírással.