Pęcherzyk żółciowy jest narządem o kształcie gruszkowatym (gruszkowatym), który przylega do spodniej powierzchni segmentów IVB i V wątroby. Ma on dolną powierzchnię otrzewnową i górną powierzchnię wątrobową, która jest ściśle przylegająca do łożyska pęcherzyka żółciowego w wątrobie. Blaszka pęcherzykowa jest kondensacją tkanki włóknisto-torebkowej, która oddziela pęcherzyk żółciowy od miąższu wątroby. Blaszka pęcherzykowa jest dobrze wykształcona w trzonie pęcherzyka żółciowego, ale staje się cieńsza w kierunku dna pęcherzyka. Małe przewody żółciowe mogą odpływać z miąższu wątroby do pęcherzyka żółciowego przez blaszkę pęcherzykową (przewody Luschki). Część pęcherzyka żółciowego wystająca poza spodnią powierzchnię wątroby nazywana jest dnem pęcherzyka; dno przechodzi w główny trzon pęcherzyka żółciowego, który leży w zagłębieniu na spodniej powierzchni wątroby. Ciało pęcherzyka żółciowego zwęża się w infundibulum, które prowadzi przez szyję do przewodu pęcherzykowego.

Na tomografii komputerowej, szyi pęcherzyka żółciowego jest postrzegane w wyższych cięć (sekcje) niż ciała pęcherzyka żółciowego, który jest postrzegany wyżej niż dna pęcherzyka żółciowego. Przewód pęcherzykowy ma spiralne fałdy błony śluzowej zwane „zastawkami” Heistera. Czasami występuje dolna sakkularyzacja (ujście) pęcherzyka żółciowego; nazywa się to torebką Hartmanna. Trójkąt Calota jest ograniczony przez przewód pęcherzykowy po prawej stronie, przewód wątrobowy wspólny (CHD) po lewej stronie i spodnią powierzchnię wątroby powyżej; tętnica pęcherzykowa i węzeł chłonny pęcherzykowy Lunda leżą w trójkącie Calota. Fałd otrzewnowy pęcherzyka żółciowego łączy szyję pęcherzyka żółciowego z pierwszą częścią dwunastnicy.

Omentum mniejsze biegnie od dolnej powierzchni wątroby (między porta hepatis a szczeliną pępkową) do krzywizny mniejszej żołądka i pierwszej części dwunastnicy. Wolny prawy brzeg mniejszej części jelita grubego nazywany jest więzadłem wątrobowo-dwunastniczym (HDL). Otwór przełykowy (epiploic) (Winslowa) za HDL prowadzi do worka mniejszego (omental bursa).

Prawy i lewy przewód wątrobowy łączą się na zewnątrz wątroby we wzgórzu (porta hepatis), tworząc wspólny przewód wątrobowy (CHD). Przewód torbielowaty łączy się z CHD, tworząc przewód żółciowy (przewód żółciowy wspólny lub CBD), który przemieszcza się w dół w HDL wraz z właściwą tętnicą wątrobową po jej lewej stronie i żyłą wrotną za nią. Górna granica średnicy prawidłowej CBD wynosi 6-7 mm.

Centralny przewód żółciowy (CBD) ma części: nadprzewodową, tylnoprzewodową (za pierwszą częścią dwunastnicy), pod-przewodową lub wsteczną (w rowku lub bruździe za lub tunelu przez górną połowę głowy trzustki) oraz wewnątrzprzewodową (śródścienną).

Część końcowa CBD jest połączona z częścią końcową przewodu trzustkowego w głowie trzustki w celu utworzenia wspólnego kanału (zwanego ampułką wątrobowo-trzustkową, gdy jest rozszerzona), który biegnie przez przyśrodkową ścianę dwunastnicy i otwiera się na kopule brodawki większej dwunastnicy, brodawkowatego występu na przyśrodkowej ścianie środkowego segmentu drugiej części (pętli C) dwunastnicy. Zarówno ampulla, jak i brodawka są eponimicznie związane z Vaterem.

Brodawka większa dwunastnicy jest pokryta półkolistym fałdem błony śluzowej przypominającym kaptur na górze. Wokół wspólnego kanału CBD i głównego przewodu trzustkowego obecny jest zwieracz z mięśni gładkich (Oddiego), który zapobiega refluksowi soku dwunastniczego do tych dwóch przewodów. Dwa inne indywidualne zwieracze mięśni gładkich są obecne wokół końcowych części CBD (zwieracz Boydena) i głównego przewodu trzustkowego przed ich połączeniem; zapobiegają one refluksowi soku trzustkowego do CBD i żółci do głównego przewodu trzustkowego.

Pień trzewny (axis) odgałęzia się od przedniej powierzchni aorty na poziomie T12-L1 i dzieli się na tętnicę wątrobową wspólną (CHA), tętnicę śledzionową i lewą tętnicę żołądkową. CHA przebiega na górnej granicy trzonu proksymalnego trzustki. Odchodzi od tętnicy żołądkowo-jelitowej (GDA) i jako tętnica wątrobowa właściwa biegnie dalej w HDL na prawo od CBD i przed żyłą wrotną. Tętnica wątrobowa właściwa dzieli się następnie na prawą i lewą gałąź.

Tętnica pęcherzykowa jest odgałęzieniem prawej tętnicy wątrobowej, która jest oddawana za CBD; leży w trójkącie Calota, gdzie dzieli się na gałąź przednią i tylną i zaopatruje pęcherzyk żółciowy. Trójkąt Calota jest utworzony przez spodnią powierzchnię wątroby, przewód pęcherzykowy i przewód wątrobowy wspólny. Tętnica pęcherzykowa oddaje również małe odgałęzienia do przewodu pęcherzykowego. Nie jest to tętnica końcowa; dopływ krwi do pęcherzyka żółciowego pochodzi z wątroby w łożysku pęcherzyka również.

Nie istnieje nazwana żyła pęcherzykowa; wiele małych żył pęcherzykowo-wątrobowych odprowadza krew z pęcherzyka żółciowego do wewnątrzwątrobowych odgałęzień żyły wrotnej w wątrobie (segmenty IV i V) i może powodować liczne przerzuty do wątroby typu bilobar. Małe żyły pęcherzykowe mogą przebiegać od szyi pęcherzyka żółciowego w trójkącie Calota do głównej żyły wrotnej w więzadle wątrobowo-dwunastniczym.

Chłonki pod- i podśluzówkowe odpływają z pęcherzyka żółciowego do węzła chłonnego pęcherzykowego Lund wzdłuż tętnicy pęcherzykowej w trójkącie Calota między przewodem pęcherzykowym a CHD. Opisano dwie drogi spływu chłonki z pęcherzyka żółciowego. Główny przepływ odbywa się w prawo od HDL (węzły chłonne okołopęcherzykowe, trzustkowo-dwunastnicze i aortalno-żołądkowe); alternatywna droga przebiega w lewo od HDL (węzły chłonne okołopęcherzykowe, tętnicy wątrobowej, trzewne i okołoaortalne).

Węzeł chłonny pęcherzykowy nie jest węzłem wartowniczym dla pęcherzyka żółciowego; rak pęcherzyka żółciowego może rozprzestrzeniać się bezpośrednio do węzłów chłonnych w porta hepatis lub HDL bez udziału węzła chłonnego pęcherzykowego. Węzły chłonne mogą być obecne w HDL lub nawet poza nią, nawet jeśli węzeł chłonny torbielowaty jest negatywny. Pęcherzyk żółciowy jest zaopatrywany w nerwy przywspółczulne z prawego błędnika przez jego gałąź wątrobową, a nerwy współczulne z T 7-9 przez splot trzewny.

Pęcherzyk żółciowy jest zaopatrywany w nerwy przywspółczulne z prawego błędnika przez jego gałąź wątrobową.