Po ukończeniu studiów Rowling przeniosła się do Londynu i podjęła szereg prac, w tym jedną jako badacz w Amnesty International.
Rowling po raz pierwszy wpadła na pomysł Harry’ego Pottera podczas opóźnienia w pociągu jadącym z Manchesteru do londyńskiego King’s Cross w 1990 roku. W ciągu najbliższych pięciu lat, zaczęła planować siedem książek z serii, gromadząc liczne notatki, z których wiele było na skrawkach papieru.
Rowling przeniósł się do Portugalii w 1990 roku, aby uczyć angielskiego, biorąc jej notatki z nią. Tam poznała i poślubiła portugalskiego dziennikarza Jorge Arantesa. Córka pary, Jessica, urodziła się w 1993 roku. Po jej małżeństwo zakończyło się rozwodem, Rowling wróciła do Wielkiej Brytanii, aby żyć w Edynburgu, z Jessicą i walizką zawierającą trzy pierwsze rozdziały Harry Potter i Kamień Filozoficzny.
Większość Harry Potter i Kamień Filozoficzny został napisany w kawiarniach Edynburga, podczas gdy Rowling i jej córka żyła na zasiłkach. Rowling ukończyła pierwszą książkę, szkoląc się jednocześnie na nauczycielkę. Uczyła w szkołach w Edynburgu, kiedy rękopis Harry Potter i Kamień Filozoficzny trafił do Bloomsbury Publishing, po tym, co autor opisuje jako „mnóstwo” odrzucenia.
Książka była pierwszym wprowadzeniem do Harry’ego Pottera, młodego czarodzieja, który odkrywa swoje magiczne dziedzictwo na jego 11 urodziny, kiedy otrzymuje list akceptacyjny do Hogwartu School of Witchcraft and Wizardry.
Harry zyskuje bliskich przyjaciół i kilku wrogów podczas pierwszego roku w szkole, a z pomocą swoich przyjaciół, Harry stawia czoła próbie powrotu mrocznego czarodzieja Lorda Voldemorta, który zabił rodziców Harry’ego, ale nie udało mu się zabić Harry’ego, gdy miał zaledwie 15 miesięcy.
Bloomsbury opublikowało Kamień filozoficzny w 1997 roku w początkowym nakładzie 1000 egzemplarzy, z których 500 zostało rozdanych bibliotekom. Dzisiaj, takie egzemplarze są wyceniane między £ 16,000 i £ 25,000.
Książka została po raz pierwszy opublikowana pod nazwą J.K. Rowling. K” oznacza Kathleen, imię ojcowskiej babci Rowling. Został on dodany na prośbę jej wydawcy, który myślał, że książka przez oczywistego autora kobiet może nie podobać się docelowej publiczności młodych chłopców.
Druga książka w serii o Harrym Potterze, Harry Potter i Komnata Tajemnic, wyszedł w 1998 roku, a następnie trzecia książka w serii Rowling, Harry Potter i więzień Azkabanu, w 1999 roku. Czwarty tom w serii, Harry Potter i Goblet of Fire, stał się najszybciej sprzedającą się książką w ciągu 24 godzin kiedykolwiek na jego release w 2000.
W 2001 roku, filmowa adaptacja pierwszej książki została wydana przez Warner Bros., z udziałem Daniel Radcliffe, Emma Watson, Alan Rickman, Robbie Coltrane i Ralph Fiennes. W tym samym roku Rowling wyszła za mąż za anestezjologa dr Neila Murraya w jego domu w Szkocji. Para ma dwoje dzieci razem, David (ur. w 2003 r.) i Mackenzie (ur. w 2005 r.).
Kontynuując z ogromnym sukcesem serii Harry Potter, Rowling wydała piątą część, Harry Potter i Zakon Feniksa, w 2003 roku. Harry Potter and the Half-Blood Prince nastąpił w 2005 roku, podczas gdy ostatnia książka Harry Potter and the Deathly Hallows została opublikowana w 2007 roku.
Każda z książek Rowling o Harrym Potterze doczekała się kolejnych siedmiu adaptacji na duży ekran, kończąc się wydaniem ósmego filmu, Harry Potter and the Deathly Hallows Part 2, w 2011 roku.
W 2014 roku Rowling opublikowała krótkie opowiadanie o dorosłym Harrym Potterze i zjeździe szkolnym w Hogwarcie na swojej stronie internetowej Pottermore. Od czasu uruchomienia witryny dodała więcej opowiadań i informacji o wszystkich rzeczach związanych z Harrym Potterem.
W 2017 roku Rowling ogłosiła na swojej stronie internetowej, że opublikuje dwie nowe książki na wystawę w British Library, która świętuje 20. rocznicę publikacji jej pierwszej powieści, Harry Potter i kamień filozoficzny.
Książki, Harry Potter: A History of Magic (opisana jako wersja dla dorosłych) i Harry Potter: A Journey Through a History of Magic (wersja przyjazna dzieciom), zostały wydane 20 października tego samego roku i zawierały rękopisy, oryginalne ilustracje oraz eksplorację postaci Harry’ego Pottera i magii.