Rośliny potrzebują korzeni i chociaż niektóre rośliny pobierają wodę i składniki odżywcze z powietrza lub roślin żywicielskich, większość ma swoje korzenie mocno osadzone w glebie i tutaj patrzymy na to, jakie są ich funkcje. Po pierwsze korzenie (miejmy nadzieję) zakotwiczają roślinę bezpiecznie w glebie przed burzeniem przez wiatry i przechodzące zwierzęta. Po drugie, rośliny pobierają składniki odżywcze z gleby, kompostu lub innego podłoża poprzez korzenie. Podstawowy proces jest taki sam, niezależnie od wielkości rośliny, od przytulonych do ziemi alpin po ogromne drzewa leśne: to włoski na maleńkich korzonkach na końcach systemu korzeniowego wchłaniają wodę z gleby; ogromne grube korzenie, które można zobaczyć na drzewach i krzewach, służą do zakotwiczenia rośliny mocno w ziemi, rozprzestrzeniają funkcjonujące korzenie na dużej powierzchni, aby dotrzeć do większości wody i transportują wchłoniętą wodę i składniki odżywcze do części roboczych rośliny nad ziemią, takich jak liście do fotosyntezy. Rośliny wchłaniają tylko składniki odżywcze rozpuszczone w wodzie, więc i one dostają się przez włoski korzeniowe. W przeciwieństwie do powszechnego przekonania, korzenie nie rosną w kierunku wody – nie mogą wykryć wody na odległość – ale rosną w dół, ponieważ wykrywają środek ciężkości, właściwość zwaną geotropizmem, i rozprzestrzeniają się przez rozgałęzienia, dopóki nie wejdą w kontakt z wodą w glebie.

Jest więc dość oczywiste, że korzenie roślin potrzebują wody w glebie; to, co może nie być tak oczywiste, to fakt, że potrzebują one również stałego dopływu tlenu z powietrza w przestrzeniach między cząstkami gleby. Tlen jest niezbędny do „oddychania” wszystkich komórek roślinnych w celu uwolnienia energii zarówno do zasilania ich procesów, jak i do wzrostu. Bez tlenu korzenie oddychają beztlenowo (beztlenowo) przez krótki czas, ale wytwarza to mniej energii i toksyczne produkty uboczne, które zaczynają zabijać komórki. Dlatego właśnie długotrwałe zaleganie wody stanowi taki problem dla roślin, które nie są przystosowane do uprawy na bagnach czy w stawach. Gdy maleńkie włoski korzeniowe obumrą, trzeba je zastąpić, zużywając cenną energię, gdy gleba wyschnie, zanim reszta rośliny zacznie rosnąć. Jedyną dobrą wiadomością jest to, że uśpione rośliny w zimie potrzebują znacznie mniej energii i dlatego zazwyczaj przeżywają zalanie dłużej niż aktywnie rosnące rośliny wiosną i latem. Jeśli w części ogrodu regularnie występują problemy z zalewaniem lub gromadzeniem się wody, należy rozważyć poprawę struktury gleby w celu zwiększenia naturalnego drenażu lub nawet zainstalowanie drenażu gleby w celu odprowadzenia nadmiaru wody. Alternatywnie można wykorzystać naturalne zasoby do stworzenia ogrodu bagiennego.