Mam ograniczone doświadczenie, ponieważ jestem dopiero na moim drugim przejściu, ale jak dotąd zaobserwowałem –

Jeśli dołączysz do Minutemenów, skończysz sprzymierzony z Koleją i skończysz niszcząc Bractwo Stali i Instytut.

Dodatkowo, jeśli przeszedłeś przez misje Minutemenów (aż do zdobycia zamku włącznie), to podczas misji, w której Instytut próbuje „zaprosić” Wallace’a do przyłączenia się do ich zespołu Biosciences, to Minutemeni odpowiedzą na wezwanie Wallace’a (dając ci możliwość przekonania ich do tego). Jeśli nie dołączyłeś do Minutemenów, Gunnersi pojawią się, by odpowiedzieć na wołanie Wallace’a o pomoc. Postępy w historii Minutemenów sprawią, że oprócz odblokowania artylerii, liczne grupy wędrujących Minutemenów będą patrolować pustkowia.

Jeśli przyłączysz się do Bractwa Stali, wypowiesz wojnę Instytutowi i Kolejom, będąc jednocześnie sprzymierzonym z Minutemenami.

Jeśli przyłączysz się do Railroad, będziesz sprzymierzony z Minutemen i zniszczysz Bractwo Stali i Instytut.

Jeśli dołączysz do Instytutu, sprzymierzysz się z Minutemenami i zniszczysz Kolej oraz Bractwo Stali.

Po ukończeniu fabuły w sojuszu z Instytutem, grupy syntezatorów zaczną pojawiać się w całym Commonwealth, ogłaszając, że teraz rządzi Instytut – będą również ustawiać różne punkty kontrolne i przemierzać pustkowia, zabijając mutantów i raiderów. Różni towarzysze, których używałem podczas mojej gry, nie mieli nic przeciwko temu, że stanąłem po stronie Instytutu, jednak spodziewam się, że Deacon i Danse mogą (ponieważ zniszczyłeś ich frakcje).

Niezależnie od tego, jakiego wyboru dokonasz,

„Ojciec” zginie, jednak scenka będzie inna, jeśli nie jesteś sprzymierzony z Instytutem. Jeśli zaatakujesz Instytut, stracisz go jako miejsce szybkiej podróży. Wszystkie frakcje, które zniszczysz nie będą dostępne w misjach po końcowej cutscence.