Strona internetowa Synodu Missouri identyfikuje trzy główne obszary różnic pomiędzy Kościołem Luterańskim Missouri Synod (LCMS) a Ewangelickim Kościołem Luterańskim w Ameryce (ELCA):

1.Doktryna i autorytet Pisma Świętego – LCMS wierzy, że Biblia jest bezbłędna we wszystkim, co mówi. ELCA unika takich stwierdzeń, utrzymując, że Pismo Święte niekoniecznie jest zawsze dokładne w takich sprawach jak historia i nauka. Różnice między LCMS i ELCA w kwestii autorytetu Pisma Świętego pomagają również wyjaśnić, dlaczego LCMS nie ordynuje kobiet (w oparciu o 1 Koryntian 14:33-36, 1 Tymoteusza 2:11-14), postrzega zachowania homoseksualne jako sprzeczne z wolą Bożą (Rzymian 1:18-28, 1 Koryntian 6:9) i nie zezwala na ordynację praktykujących homoseksualistów.

2.Przywiązanie do luterańskich pism konfesyjnych – ELCA, potwierdzając swoje przywiązanie do Ewangelii Jezusa Chrystusa, o której świadczą wyznania luterańskie, ma również tendencję do podkreślania historycznego charakteru tych pism i utrzymywania możliwości sprzeciwu wobec stanowisk konfesyjnych, które nie dotyczą bezpośrednio samej Ewangelii rozumianej w wąskim sensie. Wszyscy pastorzy LCMS, z drugiej strony, są zobowiązani do potwierdzenia, że wyznania luterańskie są poprawnym wyjaśnieniem nauk Pisma Świętego.

3.Poziom zgody niezbędny do połączenia się w jednym ciele kościelnym – Podczas gdy LCMS wierzy, że Biblia wymaga zgody we wszystkim, czego Biblia naucza, ELCA utrzymuje, że niezgoda w niektórych sprawach doktrynalnych, takich jak sposób obecności Chrystusa w Komunii Świętej, nie zabrania wspólnoty kościelnej.

A w odniesieniu do Ewangelicznego Synodu Luterańskiego Wisconsin (WELS), Synod Missouri identyfikuje te różnice ze swojej perspektywy:

1.Biblijne rozumienie społeczności – WELS ma to, co nazywa „jednostkową koncepcją” społeczności, która obejmuje każdy wspólny wyraz, manifestację i demonstrację wspólnej wiary. LCMS postrzega społeczność kościelną jako możliwą na różnych poziomach, np. społeczność modlitewna (która nie wymaga pełnej zgodności doktrynalnej) jest możliwa nawet wtedy, gdy społeczność przy ołtarzu i ambonie (która wymaga pełnej zgodności doktrynalnej) może nie być możliwa.

3. Rola kobiet w kościele – Podczas gdy zarówno LCMS jak i WELS zdecydowanie sprzeciwiają się ordynacji kobiet na urząd pastora na podstawie Biblii, LCMS doszedł do wniosku, że Pismo Święte nie zabrania kobietom prawa wyborczego w kościele. WELS sprzeciwia się prawu wyborczemu kobiet w kościele jako sprzecznemu z Pismem Świętym.