Urodzony 11 lutego 1805 r. w Forcie Mandan, Jean Baptiste Charbonneau był synem francuskiego tłumacza kanadyjskiego, Touissanta Charbonneau, i jego szoszońskiej żony, Sacagawea.

Lewis i Clark przybyli na terytorium Hidatsa-Mandan w październiku 1804 r. i zatrudnili starszego Charbonneau i Sacagawea jako zespół tłumaczy. Kapitanowie dowiedzieli się, że Szoszoni mają duże stado koni. Byli chętni, aby Sacagawea, która mówiła po szoszońsku, towarzyszyła im w negocjacjach o konie potrzebne do przekroczenia zachodnich gór, mimo że była wtedy w szóstym miesiącu ciąży.

Podczas gdy ekspedycja zimowała w forcie Mandan, Lewis, 11 lutego 1805 roku, odnotował narodziny Jeana Baptiste’a w następujący sposób: Około godziny piątej wieczorem jedna z żon Charbonneau urodziła pięknego chłopca. Warto zauważyć, że było to pierwsze dziecko, które ta kobieta urodziła, i jak to często bywa w takich przypadkach, jej poród był żmudny, a ból gwałtowny. Polegając na niej jako tłumaczce z Szoszonów, Lewis obawiał się o jej bezpieczny poród. Chcąc pomóc jej w urodzeniu dziecka, poradził się innych, a następnie podał niewielką mieszankę wody i zmiażdżonych pierścieni grzechotnika, by pomóc w wywołaniu porodu. Chociaż Lewis był sceptycznie nastawiony do tego leczenia, jego dziennik wskazuje, że urodziła wkrótce po spożyciu mikstury z grzechotnika: Czy to lekarstwo było rzeczywiście przyczyną, czy nie, nie podejmuję się ustalić, ale… nie wzięła go więcej niż dziesięć minut przed porodem.

Najnowszy członek 33-osobowej ekspedycji, Jean Baptiste był zdrowym i aktywnym chłopcem, wielkim ulubieńcem Clarka, który nadał mu przydomek Pomp i Pompy, za jego pompatyczne wybryki małego tańczącego chłopca. 7 kwietnia 1805 roku, jadąc w pirogue (łodzi rzecznej) ze swoją matką, 55-dniowy Jean Baptiste dołączył do ekspedycji, gdy Korpus opuścił Fort Mandan, by kontynuować podróż w kierunku Gór Skalistych i ludu Sacagaweas.

Podatny na dziecięce dolegliwości, Baptiste doświadczył poważnej choroby podczas podróży powrotnej wiosną 1806 roku. Podczas gdy Korpus był opóźniony przez głęboki śnieg, który pokrył Lolo Trail przez góry Bitterroot, chłopiec dostał wysokiej gorączki i spuchniętej szyi i gardła, oznaki być może świnki lub zapalenia migdałków (a może ząbkowania). Kapitanowie zastosowali na jego szyi okłady z dzikiej cebuli i plaster sarve (salve) wykonany z rozen sosny długolistnej, wosku i oleju niedźwiedziego zmieszanych, w wyniku czego chłopiec wyzdrowiał w ciągu dwóch i pół tygodnia.

Clark, prowadząc mały oddział, który obejmował rodzinę Charbonneau, zbadał rzekę Yellowstone podczas podróży powrotnej. 25 lipca 1806 roku natknęli się na niezwykłą, wolno stojącą formację piaskowca na południowym brzegu rzeki, którą kapitan Clark nazwał Pompys Tower na cześć półtorarocznego Jeana Baptiste. Nazywany dziś Pompeys Pillar, Clark, pod chronionym, naturalnym nawisem, wyrył swoje imię i nazwisko oraz datę 25 lipca, swoje urodziny. Wyrycie Clarka, obecnie zachowane pod nietłukącą się szklaną osłoną, jest uważane za jedyny trwały fizyczny dowód, jaki Korpus pozostawił na krajobrazie podczas podróży. Oprócz filaru, Clark nazwał pobliski strumień Baptiests Creek na cześć chłopca.

Młodzieniec wzbudził nieodpartą sympatię w sercu Clarka. 17 sierpnia, kiedy Korpus dotarł z powrotem do wiosek Hidatsa-Mandan i żegnał się z rodziną Charbonneau, Clark zaproponował, że wychowa dziecko jak własnego syna. Ponieważ jednak Jean Baptiste nie był jeszcze odstawiony od piersi, postanowiono, że rodzice chłopca przyprowadzą go do Clarka w późniejszym terminie. W liście do Touissanta Charbonneau, zwolnionego wówczas z Korpusu, Clark napisał:

Co do Twojego małego syna (mojego chłopca Pompa), dobrze wiesz, że darzę go sympatią i pragnę go wziąć i wychować jak własne dziecko. Jeszcze raz powtarzam, że jeśli przyprowadzisz do mnie swego syna Baptystę, będę go kształcił i traktował jak własne dziecko – nie zapominam o obietnicach, które ci złożyłem i powtórzę je teraz, abyś był pewien – Charbono, jeśli chcesz żyć z białymi ludźmi i przyjdziesz do mnie, dam ci kawałek ziemi i wyposażę cię w konie, krowy i wieprze….Życząc tobie i twojej rodzinie wielkiego suckcess & z niespokojnym oczekiwaniem zobaczenia mojego małego tańczącego chłopca Baptiest pozostanę twoim przyjacielem.

W 1809 roku Touissant Charbonneau i Sacagawea podróżowali w dół Missouri do St. Louis z Jeanem Baptiste. Toussaint, wraz ze wszystkimi zaciągniętymi do ekspedycji mężczyznami, otrzymali poręczenia gruntowe w wysokości 320 akrów. To, plus bon na 533,33 dolary, jego wynagrodzenie za usługi tłumacza (Sacagawea nie dostała nic), było rzeczywiście fortuną dla człowieka o tak ograniczonych zasobach ekonomicznych. Toussaint nie miał jednak temperamentu do uprawy ziemi i 26 marca 1811 roku przekazał swoje prawo do ziemi Clarkowi za 100,00 dolarów. W kwietniu on i Sacagawea wsiedli na barkę Missouri Fur Company zmierzającą do górnego biegu Missouri, pozostawiając Baptiste’a pod opieką Clarka, aby chłopiec mógł rozpocząć edukację.

Po ukończeniu szkoły w St. Louis, Baptiste powrócił do życia na pograniczu. W 1823 roku, w wieku 18 lat, mieszkając w wiosce kupieckiej u ujścia rzeki Kansas, poznał księcia Pawła Wilhelma z Wirtembergii w Niemczech, który był na misji naukowej w Ameryce. Niezwykłe połączenie umiejętności granicznych i osiągnięć kulturalnych Baptistesa zaintrygowało księcia, który objął go swoim patronatem. Młody człowiek towarzyszył Pawłowi w podróży do Europy, gdzie poznał wyrafinowane, arystokratyczne środowisko niemieckiego dworu. Baptiste cieszył się królewskim stylem życia przez sześć lat, stając się biegłym w czterech językach i zdobywając wykształcenie, które później naznaczyło go jako kulturową anomalię na zachodniej granicy.

Powróciwszy do Ameryki w 1829 roku, odłożył na bok swoje kultywowane maniery i wpadł w szorstką i burzliwą egzystencję człowieka gór. Przemierzył wzdłuż i wszerz amerykański Zachód, polując, zastawiając pułapki, prowadząc i badając. W latach 1846-1847 był zwiadowcą drogi na zachód od Nowego Meksyku do Kalifornii dla Batalionu Mormonów. Zwolniony w 1847 roku, został mianowany Alcalde Misji San Luis Rey, urzędu porównywalnego do magistratu.

Zaniepokojony nadużyciami właścicieli ziemskich w stosunku do niektórych Indian (którzy byli traktowani jak wirtualni niewolnicy), zrezygnował z oficjalnych obowiązków i wszedł w szaleńczy pęd kalifornijskiej gorączki złota. Najwyraźniej nie wzbogacił się, gdyż w 1861 roku został odnotowany jako urzędnik hotelowy w Auburn, w Kalifornii. W 1866 roku opuścił Auburn wraz z dwoma towarzyszami i udał się w kierunku nowych odkryć złota w Montanie. W drodze, Jean Baptiste, w wieku 61 lat, zmarł na zapalenie płuc i został pochowany na odległym, prymitywnym cmentarzu w maleńkiej wiosce Jordan Valley w Danner, w stanie Oregon. 14 marca 1973 r. jego grób został wpisany do Narodowego Rejestru Miejsc Historycznych.