W 1592 roku prześladowania zostały wznowione, a kilku japońskich konwertytów otrzymało koronę męczeństwa. Cesarz Tagcosama, jeden z najbardziej dumnych i złośliwych ludzi, został doprowadzony do wściekłości i zazdrości przez podejrzenia sugerowane przez niektórych europejskich kupców pragnących monopolu na handel, że celem misjonarzy w głoszeniu wiary chrześcijańskiej było ułatwienie podboju ich kraju przez Portugalczyków lub Hiszpanów.

Trzech jezuitów i sześciu franciszkanów zostało ukrzyżowanych na wzgórzu niedaleko Nangasaqui w 1597 roku. Ci ostatni byli częściowo Hiszpanami, a częściowo Indianami, a na ich czele stał F. Peter Baptist, komisarz jego zakonu, pochodzący z Avila w Hiszpanii. Jeśli chodzi o Jezuitów, to jednym z nich był Paweł Miki, szlachetny Japończyk i wybitny kaznodzieja, mający wówczas trzydzieści trzy lata. Dwaj pozostali, Jan Gotto i Jakub Kisai, zostali przyjęci do Towarzystwa w więzieniu na krótko przed tym, jak cierpieli. Wraz z nimi cierpiało kilku japońskich konwertytów. Liczba męczenników wynosiła dwadzieścia sześć osób, a wśród nich było trzech chłopców, którzy służyli braciom do mszy; dwóch z nich miało piętnaście lat, a trzeci tylko dwanaście, jednak każdy z nich okazał wielką radość i stałość w swoich cierpieniach. Z tych męczenników, dwudziestu czterech zostało przywiezionych do Meaco, gdzie obcięto im tylko część lewego ucha, dzięki złagodzeniu wyroku, który nakazywał amputację nosa i obu uszu. Prowadzono ich przez wiele miast i miejsc publicznych, ich policzki poplamione krwią, ku przerażeniu innych. Kiedy dwudziestu sześciu żołnierzy Chrystusa dotarło na miejsce egzekucji w pobliżu Nangasaqui, pozwolono im wyspowiadać się dwóm jezuitom z klasztoru w tym mieście, a następnie przymocowano ich do krzyży za pomocą sznurów i łańcuchów na rękach i nogach oraz żelaznej obroży na szyi i uniesiono w powietrze, przy czym stopa każdego krzyża wpadała do przygotowanego dla niej otworu w ziemi. Krzyże były ustawione w rzędzie, w odległości około czterech stóp od siebie, a każdy męczennik miał obok siebie kata z włócznią gotową do przebicia jego boku; taki jest bowiem japoński sposób ukrzyżowania. Gdy tylko wszystkie krzyże zostały postawione, kaci podnieśli swoje lance i na dany sygnał, wszyscy przebili męczenników prawie w tej samej chwili; po czym ci umarli i poszli odebrać nagrodę za swoje cierpienia. Ich krew i szaty zostały pozyskane przez chrześcijan, a oni sami dokonali cudów. Urban VIII zaliczył ich do grona męczenników i są oni czczeni 5 lutego, w dniu ich triumfu.