Ostatnie kilka dekad było świadkiem bezprecedensowego wzrostu zastosowania probiotyków w celu promowania ogólnego zdrowia jelit, jak również ich początków jako bioterapeutyków w celu złagodzenia pewnych zaburzeń klinicznych związanych z dysbiozą. Podczas gdy liczne badania potwierdziły potencjał prozdrowotny ograniczonej grupy gatunków mikroorganizmów, rynkowa ekstrapolacja podobnej etykiety probiotyku na dużą liczbę częściowo scharakteryzowanych preparatów mikrobiologicznych wydaje się być nieobiektywna. W szczególności, osoby w okresie noworodkowym i/lub osoby z niektórymi stanami klinicznymi, takimi jak nowotwory złośliwe, nieszczelne jelita, cukrzyca i rekonwalescencja po przeszczepie organów, prawdopodobnie nie odniosą korzyści z probiotyków. Co więcej, niektóre szczepy probiotyczne mogą wykorzystywać słabą odporność tych wrażliwych grup i przekształcać się w oportunistyczne patogeny wywołujące zagrażające życiu zapalenie płuc, zapalenie wsierdzia i sepsę. Ponadto, nieuregulowane i powszechne stosowanie probiotyków potencjalnie niesie ze sobą ryzyko przeniesienia oporności na antybiotyki do jelitowych patogenów zakaźnych za pośrednictwem plazmidów. W tym przeglądzie omawiamy perspektywy bezpieczeństwa stosowania probiotyków i ich interwencji terapeutycznych w pewnych grupach ryzyka. Przedstawione argumenty i hipotezy z pewnością rzucą światło na fakt, dlaczego stosowanie probiotyków powinno być traktowane z ostrożnością.