Zużycie napojów zawierających kofeinę zostało zgłoszone jako związane ze zmniejszoną masą kostną i zwiększonym ryzykiem złamań w niektórych, ale nie w większości, badaniach obserwacyjnych. Ludzkie badania fizjologiczne i kontrolowane badania bilansowe wykazują wyraźny, ale tylko bardzo mały efekt depresyjny samej kofeiny na jelitowe wchłanianie wapnia i brak wpływu na całkowite 24-godzinne wydalanie wapnia z moczem. Badania epidemiologiczne wykazujące negatywny efekt mogą być częściowo wyjaśnione przez odwrotną zależność pomiędzy spożyciem mleka i napojów zawierających kofeinę. Niskie spożycie wapnia jest wyraźnie związane z kruchością szkieletu i jest prawdopodobne, że wysokie spożycie kofeiny jest często markerem niskiego spożycia wapnia. Negatywny wpływ kofeiny na wchłanianie wapnia jest na tyle mały, że może być w pełni zrównoważony przez 1-2 łyżki stołowe mleka. Wszystkie obserwacje sugerujące, że napoje zawierające kofeinę są czynnikiem ryzyka osteoporozy, zostały poczynione w populacjach spożywających znacznie mniej niż optymalne ilości wapnia. Nie ma dowodów na to, że kofeina ma jakikolwiek szkodliwy wpływ na stan kości lub gospodarkę wapniową u osób spożywających zalecane obecnie dzienne dawki wapnia.

.