Zatoka San Francisco, 50 mil (80 km) długości i od 3 do 13 mil (4.8-21 km) szerokości, W Calif.; wejście przez Golden Gate, cieśninę między dwoma półwyspami. Zatoka jest tak głęboka, jak 100 stóp (30 m) w miejscach, z kanałem 50 stóp (15 m) głębokości utrzymywane przez sandbar off Golden Gate. San Francisco znajduje się na południowym półwyspie; na północnym półwyspie są mieszkalne przedmieścia Marin Co., podczas gdy na wschodnim brzegu zatoki w kształcie półksiężyca znajdują się takie przemysłowe miasta jak Alameda, Oakland, Berkeley i Richmond. Dolina Santa Clara, część wielkiej depresji biegnącej równolegle do wybrzeża, jest przedłużeniem zatoki w kierunku lądu. Wyspa Aniołów, Alcatraz i Wyspa Yerba Buena z sąsiednią Wyspą Skarbów (miejsce międzynarodowej wystawy w latach 1939-40) znajdują się w zatoce. Wraz z Zatoką San Pablo i Zatoką Suisun, naturalny port w Zatoce San Francisco jest jednym z najlepszych na świecie. Na tych drugorzędnych zatokach oraz na łączącej je Cieśninie Carquinez znajdują się miasta Vallejo, Benicia, Martinez i Pittsburg. Obszar Zatoki jest obsługiwany przez sieć mostów, z których najważniejsze to Golden Gate Bridge, San Francisco-Oakland Bay Bridge, Richmond-San Rafael Bridge i San Mateo-Hayward Bridge. Trans-Bay Tube, tunel o długości 5,6 km (3,5 mil) pomiędzy San Francisco i Oakland, jest jednym z najdłuższych podwodnych szybkich tuneli tranzytowych na świecie. Tunel został specjalnie skonstruowany, aby absorbować wstrząsy spowodowane trzęsieniami ziemi. W regionie znajduje się kilka obiektów amerykańskiej marynarki wojennej. Angielski nawigator Sir Francis Drake odwiedził zatokę w 1579 roku; Hiszpanie zbadali ją dokładniej pod koniec XVIII wieku.