San Francisco-öböl, 80 km hosszú és 4,8-21 km széles, Kalifornia állam nyugati részén; a Golden Gate-en, a két félsziget közötti szoroson át érkezik. Az öböl helyenként 30 m (100 láb) mély, a Golden Gate előtti homokpadon keresztül egy 15 m (50 láb) mély csatornát tartanak fenn. San Francisco a déli félszigeten fekszik; az északi félszigeten találhatók Marin co. lakott külvárosai, míg a félhold alakú öböl keleti partján olyan ipari városok, mint Alameda, Oakland, Berkeley és Richmond. A Santa Clara-völgy, amely a parttal párhuzamos nagy mélyedés része, az öböl szárazföldi nyúlványa. Az Angel-sziget, Alcatraz és a Yerba Buena-sziget a szomszédos Kincses-szigettel (nemzetközi kiállítás helyszíne, 1939-40) az öbölben található. A San Pablo-öböl és a Suisun-öböl mellett a San Francisco-öböl természetes kikötője az egyik legjobb a világon. Ezeken a másodlagos öblökön és az ezeket összekötő Carquinez-szoroson fekszik Vallejo, Benicia, Martinez és Pittsburg városa. A Bay Area-t hidak hálózata szolgálja ki, amelyek közül a legfontosabbak a Golden Gate híd, a San Francisco-Oakland Bay Bridge, a Richmond-San Rafael híd és a San Mateo-Hayward híd. A Trans-Bay Tube, egy 5,6 km (3,5 mérföld) hosszú alagút San Francisco és Oakland között, a világ egyik leghosszabb víz alatti gyorsvasútcsöve. Az alagutat kifejezetten a földrengések rengéseinek elnyelésére építették. A régióban több amerikai haditengerészeti létesítmény található. Sir Francis Drake angol navigátor 1579-ben járt az öbölben; a spanyolok a 18. század végén tárták fel alaposabban.