Konsumtion av koffeinhaltiga drycker har rapporterats vara förknippad med minskad benmassa och ökad risk för frakturer i vissa, men inte de flesta, observationsstudier. Fysiologiska studier på människor och kontrollerade balansstudier visar en tydlig men endast en mycket liten deprimerande effekt av själva koffeinet på kalciumabsorptionen i tarmen, och ingen effekt på den totala kalciumutsöndringen i urinen under 24 timmar. De epidemiologiska studier som visar en negativ effekt kan delvis förklaras av ett omvänt förhållande mellan konsumtion av mjölk och koffeinhaltiga drycker. Ett lågt kalciumintag är tydligt kopplat till skelettbräcklighet, och det är troligt att ett högt koffeinintag ofta är en markör för ett lågt kalciumintag. Den negativa effekten av koffein på kalciumabsorptionen är tillräckligt liten för att helt kompenseras av så lite som 1-2 matskedar mjölk. Alla observationer som tyder på att koffeinhaltiga drycker är en riskfaktor för osteoporos har gjorts i befolkningar som konsumerar betydligt mindre än optimalt kalciumintag. Det finns inga bevis för att koffein har någon skadlig effekt på benstatus eller på kalciumekonomin hos personer som intar det för närvarande rekommenderade dagliga intaget av kalcium.