Jean Baptiste Charbonneau föddes den 11 februari 1805 i Fort Mandan och var son till den franskkanadensiske tolken Touissant Charbonneau och hans shoshone-hustru Sacagawea.
Lewis och Clark anlände till Hidatsa-Mandan-territoriet i oktober 1804 och anlitade den äldre Charbonneau och Sacagawea som ett tolklag. Kaptenerna hade fått veta att shoshonerna hade en stor hästhjord. De ville gärna ha Sacagawea, som talade shoshone, med sig för att förhandla om hästar som behövdes för att korsa de västra bergen, trots att hon då var gravid i sjätte månaden.
Medans expeditionen övervintrade vid Fort Mandan antecknade Lewis den 11 februari 1805 Jean Baptistes födelse på följande sätt: Omkring klockan fem i kväll födde en av Charbonneaus fruar en fin pojke. Det är värt att notera att detta var det första barnet som denna kvinna hade fött, och som vanligt i sådana fall var hennes värkarbete långvarigt och smärtan våldsam. Eftersom Lewis litade på att hon skulle fungera som översättare med shoshonefolket var han orolig för att hon skulle föda på ett säkert sätt. I ett försök att hjälpa henne att föda barnet rådgjorde han med andra och gav henne sedan en liten blandning av vatten och krossade ringar från en skallerorm för att underlätta förlossningen. Även om Lewis var skeptisk till denna behandling, visar hans dagbok att hon födde kort efter att hon hade druckit skällerormens dryck: Om denna medicin verkligen var orsaken eller inte ska jag inte försöka avgöra, men … hon hade inte tagit den mer än tio minuter innan hon föddes.
Den nyaste medlemmen i den 33 medlemmar starka expeditionen, Jean Baptiste, var en frisk och aktiv pojke, en stor favorit hos Clark, som gav honom smeknamnet Pomp and Pompy, för hans pompösa, små dansande pojks upptåg. Den 7 april 1805, då han åkte i en pirogue (flodbåt) tillsammans med sin mor, anslöt sig den 55 dagar gamla Jean Baptiste till expeditionen när kåren lämnade Fort Mandan för att fortsätta sin resa mot Klippiga bergen och Sacagaweas-folket.
Mottaglig för barndomssjukdomar drabbades Baptiste av en allvarlig sjukdom under återresan våren 1806. Medan kåren försenades av djup snö som täckte Lolo Trail genom Bitterroot Mountains, fick pojken hög feber och svullnad i hals och nacke, tecken på kanske påssjuka eller halsfluss (och kanske tandlossning). Kaptenerna applicerade på hans hals, omslag av vilda lökar och ett plåster av sarve (salva) gjort av rosen av långbladig tall, bivax och björnolja blandat, vilket resulterade i att han tillfrisknade inom två och en halv vecka.
Clark, som ledde en liten avdelning som inkluderade familjen Charbonneau, utforskade Yellowstonefloden under återresan. Den 25 juli 1806 stötte de på en ovanlig, fristående sandstensformation på flodens södra strand som kapten Clark gav namnet Pompys Tower efter den ett och ett halvt år gamla Jean Baptiste. Clark, som i dag kallas Pompeys Pillar, ristade in sitt eget namn och datumet den 25 juli, sin födelsedag, under ett skyddat, naturligt överhäng. Clarks etsning, som nu är bevarad under en okrossbar glassköld, anses vara det enda bestående fysiska bevis som kåren lämnade i landskapet under resan. Förutom pelaren namngav Clark en närliggande bäck Baptiests Creek till pojkens ära.
Ungdomen väckte en övertygande förtjusning i Clarks hjärta. Den 17 augusti, när kåren anlände tillbaka till Hidatsa-Mandanbyarna och tog farväl av familjen Charbonneau, erbjöd sig Clark att uppfostra barnet som sin egen son. Men eftersom Jean Baptiste ännu inte var avvuxen bestämdes det att pojkens föräldrar skulle ta med honom till Clark vid ett senare tillfälle. I ett brev till Touissant Charbonneau, som då var avskedad från kåren, skrev Clark:
När det gäller din lilla son (min pojke Pomp) vet du väl att jag tycker om honom och att jag är angelägen om att ta emot honom och uppfostra honom som mitt eget barn. Jag säger än en gång att om du tar din son Baptiest till mig kommer jag att uppfostra honom och behandla honom som mitt eget barn – jag glömmer inte de löften som jag gav dig och ska nu upprepa dem så att du kan vara säker – Charbono, om du vill leva med det vita folket och kommer till mig kommer jag att ge dig ett stycke land och förse dig med hästar, kor, & grisar….Med önskan om stor framgång för dig och din familj & med oroliga förväntningar på att få se min lilla dansande pojke Baptiest ska jag förbli din vän.
År 1809 reste Touissant Charbonneau och Sacagawea nedför Missouri till St Louis tillsammans med Jean Baptiste. Toussaint, tillsammans med alla expeditionens värvade män, fick var och en landgarantier på 320 acres. Detta, plus kupongen på 533,33 dollar, hans lön för sina tolktjänster (Sacagawea fick ingenting), var verkligen en förmögenhet för en man med så begränsade ekonomiska resurser. Toussaint var dock inte av det temperamentet att bearbeta jorden, och den 26 mars 1811 överförde han sin markrätt till Clark för 100 dollar. I april gick han och Sacagawea ombord på en pråm från Missouri Fur Company på väg till det övre Missouri-landet och lämnade Baptiste i Clarks vård så att pojken kunde påbörja sin utbildning.
När Baptiste hade avslutat sin skolgång i St Louis återvände han till livet vid gränsen. År 1823, vid 18 års ålder, när han bodde i en handelsby vid Kansasflodens mynning, träffade han prins Paul Wilhelm av Wuertemberg i Tyskland, som var på ett vetenskapligt uppdrag i Amerika. Baptistes ovanliga kombination av färdigheter inom gränsbefolkningen och kulturell kompetens fascinerade prinsen, som tog honom under sitt beskydd. Den unge mannen följde med Paul till Europa, där han fick ta del av den sofistikerade, aristokratiska miljön vid ett tyskt hov. Baptiste njöt av den kungliga livsstilen i sex år, blev flytande i fyra språk och fick en bakgrund som senare skulle göra honom till en kulturell anomali vid den västra gränsen.
När han återvände till Amerika 1829 lade han sina kultiverade manér åt sidan och föll in i bergsmänniskans tuffa och tumultartade tillvaro. Han reste över hela den amerikanska västern, jagade, fångade, guidade och utforskade. År 1846-1847 rekognoscerade han vägen västerut från New Mexico till Kalifornien för mormonbataljonen. Han blev avskedad 1847 och utsågs till Alcalde för San Luis Rey-missionen, ett ämbete som kan jämföras med en magistrat.
Förvirrad av markägarnas övergrepp mot vissa indianer (som behandlades som virtuella slavar), sade han upp sig från sina officiella uppgifter och gav sig in i det hektiska ruset i den kaliforniska guldrushen. Han blev uppenbarligen inte rik, eftersom han registrerades som hotellanställd i Auburn, Kalifornien, 1861. År 1866 lämnade han Auburn med två kompanjoner och begav sig mot nya guldfyndigheter i Montana. Under resan dog Jean Baptiste vid 61 års ålder av lunginflammation och begravdes på en avlägsen, primitiv kyrkogård i den lilla byn Danner i Oregon i Jordan Valley. Den 14 mars 1973 upptogs hans gravplats i National Register of Historic Places.