Jackson nådde Bristoe Station på Orange and Alexandria Railroad på eftermiddagen den 26 augusti, där hans trupper fortsatte med att förstöra två tåg och slita sönder flera kilometer spår. När han fick veta att det fanns en unionsförrådsdepå vid Manassas Junction flera mil åt nordost, avdelade Jackson Isaac R. Trimbles brigad tillsammans med kavalleristöd för att erövra korsningen. Efter en nattmarsch inledde Trimble en attack som överrumplade den lilla unionsgarnisonen och tillfångatog över 300 fångar och åtta kanoner, med förlust av fyra män. Efter att ha fått höra om den konfedererade attacken mot Manassas Junction under natten försökte Pope skicka flera unionskolonner mot Jacksons flygel för att omringa de konfedererade. Han satte Virginias armé i gång med att marschera nordost mot Manassas och beordrade avdelningar från unionsstyrkorna i Washington att med järnvägen förflytta sig västerut mot Manassas. George W. Taylors och E. Parker Scammons brigader startade på morgonen den 27 augusti. Under tiden lämnade Jackson Richard S. Ewells division vid Bristoe’s Station för att bevaka unionens styrkor och flyttade A. P. Hills och William B. Taliaferros divisioner för att förstärka Trimbles brigad.
Just när Hills division anlände till Manassas Junction attackerades Trimble av 2:a tunga artilleriet från New York, men anfallet slogs snabbt tillbaka med Hills hjälp. Vid denna tidpunkt anlände Taylor med tåg och, omedveten om att han var i underläge, fortsatte att placera ut sin brigad för en attack. Kraftig konfedererad eld, särskilt från artilleriet, fick Taylors brigad att gå på flykt och Taylor själv blev dödligt skadad. Scammons två regementen anlände och tjänade som eftertrupp för att täcka unionens reträtt. Unionens förluster uppgick till nästan 450 (inklusive över 200 fångar), medan de konfedererade förlorade endast tjugofem man.
Västerut placerade Ewell sin division längs Kettle Run för att tjäna som skydd för Jacksons bakre del mot Popes styrkor. Joseph Hookers division från unionens III:e kår mötte först Ewells skärmytslare omkring klockan 14.30. Ewell kunde hålla sin position i över en timme, men Hooker tog då upp sitt eget artilleri och försökte överflytta den konfedererade linjen. Strax efter 16.00 fick Ewell order från Jackson att dra sig tillbaka till Manassas Junction och lyckades frigöra sig. Hooker kunde inte följa efter på grund av att bron över Broad Run i norr var bränd. Ewell förlorade mindre än 150 man i striden, medan Hooker förlorade 400 man.