Under 1592 återupptogs förföljelsen och flera japanska konvertiter fick martyrskapets krona. Kejsaren Tagcosama, en av de mest stolta och ondskefulla människorna, upprördes till raseri och svartsjuka av en misstanke som väcktes av vissa europeiska köpmän som önskade monopol på denna handel, att missionärernas avsikt med att förkunna den kristna tron var att underlätta för portugiserna eller spanjorerna att erövra sitt land.

Tre jesuiter och sex franciskaner korsfästes på en kulle i närheten av Nangasaqui år 1597. De sistnämnda var delvis spanjorer och delvis indianer och hade i spetsen F. Peter Baptist, kommissarie för sin orden, född i Avila i Spanien. När det gäller jesuiterna var en av dem Paul Miki, en ädel japan och en framstående predikant, vid den tiden trettiotre år gammal. De andra två, John Gotto och James Kisai, upptogs i sällskapet i fängelse strax innan de led. Flera japanska konvertiter led tillsammans med dem. Martyrerna var tjugosex till antalet, och bland dem fanns tre pojkar som brukade betjäna bröderna vid mässan; två av dem var femton år gamla och den tredje bara tolv, men alla visade stor glädje och ståndaktighet i sina lidanden. Av dessa martyrer hade tjugofyra förts till Meaco, där endast en del av deras vänstra öron hade skurits av, genom en lindring av domen, som hade beordrat amputation av deras näsor och båda öronen. De fördes genom många städer och offentliga platser, med sina kinder fläckade av blod, för att vara en skräck för andra. När de tjugosex Kristi soldater anlände till avrättningsplatsen i närheten av Nangasaqui, fick de tillåtelse att göra sin bekännelse till två jesuiter från klostret i den staden, och efter att ha fästs vid kors med hjälp av snören och kedjor runt armar och ben och en järnkrage runt halsen, höjdes de upp i luften, varvid foten på varje kors föll ner i ett hål som förberetts för det i marken. Korsen sattes i en rad, ungefär en meter från varandra, och varje martyr hade en bödel nära sig med ett spjut redo att genomborra hans sida; för detta är det japanska sättet att korsfästa. Så snart alla kors var planterade lyfte bödlarna upp sina lansar, och på en signal som gavs genomborrade alla martyrerna nästan i samma ögonblick, varefter de dog och gick för att ta emot belöningen för sina lidanden. Deras blod och kläder anskaffades av kristna, och mirakel utfördes av dem. Urban VIII rankade dem bland martyrerna, och de hedras den 5 februari, dagen för deras triumf.