Den dialektiska diskursen om ”genen” som ärftlighetens enhet som härleds från fenotypen, oavsett om det rör sig om en intervenerande variabel eller en hypotetisk konstruktion, tycktes vara avgjord i och med presentationen av DNA:s molekylära modell: genen reducerades till en sekvens av DNA som transkriberas till RNA som översätts till en polypeptid; polypeptiderna kan veckas till proteiner som är involverade i cellulär ämnesomsättning och struktur, och därmed funktion. Denna väg visade sig vara mer förbryllande ju mer regleringen av produkter och funktioner avslöjades i samband med integrerade cellulära system. Filosofer som kämpade för att definiera ett enhetligt begrepp om genen som den grundläggande enheten inom (molekylär)genetiken konfronterades med dem som föreslog flera olika ”gener” i enlighet med experimentalisternas begreppsramar. Forskarna betraktade i allt högre grad gener som generiska termer för att beskriva sina empiriska data, och med förbättrade möjligheter till DNA-sekvensering var dessa enheter i regel nukleotidsekvenser som bestämmer funktionerna. Det var först nyligen som empirister återvände till att diskutera konceptuella överväganden, inklusive top-down-definitioner av funktionsenheter som genom cellulära mekanismer väljer de DNA-sekvenser som utgör ”genomiska fotspår” av funktionella enheter.