På Missourisynodens webbplats anges tre huvudsakliga områden där det finns skillnader mellan Lutheran Church Missouri Synod (LCMS) och Evangelical Lutheran Church in America (ELCA):

1.Skriftens lära och auktoritet – LCMS anser att Bibeln är utan fel i allt vad den säger. ELCA undviker att göra sådana uttalanden och menar att Skriften inte nödvändigtvis alltid är korrekt i frågor som historia och vetenskap. Skillnaderna mellan LCMS och ELCA när det gäller Skriftens auktoritet bidrar också till att förklara varför LCMS inte ordinerar kvinnor (baserat på 1 Korintierbrevet 14:33-36, 1 Timoteusbrevet 2:11-14), anser att homosexuellt beteende strider mot Guds vilja (Romarbrevet 1:18-28, 1 Korintierbrevet 6:9) och inte tillåter ordination av praktiserande homosexuella.

2.Engagemanget för de lutherska bekännelseskrifterna – ELCA bekräftar sitt engagemang för Jesu Kristi evangelium som det vittnas om i de lutherska bekännelseskrifterna, men tenderar också att betona den historiska karaktären hos dessa skrifter och att upprätthålla möjligheten att avvika från bekännelseskrifterna när det gäller ståndpunkter som inte direkt handlar om evangeliet i sig självt uppfattat i snäv bemärkelse. Alla LCMS-pastorer måste å andra sidan bekräfta att de lutherska bekännelserna är en korrekt förklaring av Skriftens läror.

3.Nivån på den överenskommelse som krävs för att förenas i en kyrkokropp – Medan LCMS anser att Bibeln kräver att man ska vara överens om allt som Bibeln lär, anser ELCA att meningsskiljaktigheter i vissa lärofrågor, som t.ex. sättet för Kristi närvaro i den heliga nattvarden, inte förbjuder kyrkogemenskap.

Och när det gäller Wisconsin Evangelical Lutheran Synod (WELS) identifierar Missourisynoden dessa skillnader ur sitt perspektiv:

1.Den bibliska förståelsen av gemenskap – WELS har vad de kallar ett ”enhetsbegrepp” för gemenskap, som omfattar varje gemensamt uttryck, manifestation och demonstration av en gemensam tro. LCMS ser kyrkogemenskap som möjlig på olika nivåer, t.ex. är bönegemenskap (som inte kräver fullständig doktrinär samsyn) möjlig även om altar- och predikstolgemenskap (som kräver fullständig doktrinär samsyn) kanske inte är möjlig.

2. Läran om ämbetet – För LCMS är ämbetet för det offentliga ämbetet (pastoralämbetet) enligt Skriften det enda gudomligt
etablerade ämbetet i kyrkan, medan kyrkan besitter friheten att skapa andra ämbeten, genom mänsklig institution, från tid till annan för att hjälpa till med att utföra pastoralämbetets funktioner. I WELS’ ”Teser om kyrka och ämbete” förnekas dock uttryckligen att det pastorala ämbetet är särskilt instiftat av Herren till skillnad från andra former av offentligt ämbete.

3. Kvinnornas roll i kyrkan – Medan både LCMS och WELS starkt motsätter sig ordinationen av kvinnor till pastorala ämbetet på skriftliga grunder har LCMS dragit slutsatsen att Skrifterna inte förbjuder kvinnlig rösträtt i kyrkan. WELS motsätter sig kvinnlig rösträtt i kyrkan som strider mot Skriften.