1592-ben az üldözés kiújult, és több japán megtérő megkapta a vértanúság koronáját. Tagcosama császárt, aki a legbüszkébb és leggonoszabb emberek közé tartozott, dühbe és féltékenységbe hozta az a gyanú, amelyet egyes, a kereskedelem monopóliumára vágyó európai kereskedők sugalltak, hogy a misszionáriusok célja a keresztény hit hirdetésével az, hogy megkönnyítsék országuk portugálok vagy spanyolok általi meghódítását.

Három jezsuitát és hat ferences szerzetest feszítettek keresztre 1597-ben egy Nangasaqui melletti dombon. Utóbbiak részben spanyolok, részben indiánok voltak, és élükön F. Peter Baptist, rendjének komisszárja állt, aki a spanyolországi Avilából származott. Ami a jezsuitákat illeti, az egyikük Paul Miki volt, egy nemes japán, kiváló prédikátor, aki akkor harminchárom éves volt. A másik kettőt, Gotto Jánost és Kisai Jakabot nem sokkal szenvedésük előtt, a börtönben vették fel a Társaságba. Velük együtt több japán megtérő is szenvedett. A vértanúk huszonhatan voltak, és köztük volt három fiú, akik a misén szolgáltak a szerzeteseknek; ketten közülük tizenöt évesek voltak, a harmadik pedig csak tizenkét éves, mégis mindegyikük nagy örömöt és állhatatosságot mutatott szenvedéseiben. E vértanúk közül huszonnégyet Meacóba vittek, ahol csak a bal fülük egy részét vágták le, az ítélet enyhítésével, amely az orruk és mindkét fülük amputálását rendelte el. Sok városon és nyilvános helyen vezették végig őket, arcukat vérrel bemocskolva, hogy másokra rémületet keltsenek. Amikor a huszonhat krisztusi katona megérkezett a kivégzés helyére, Nangasaqui közelébe, megengedték nekik, hogy meggyónjanak az ottani kolostor két jezsuitájának, és miután karjukra és lábukra zsinórokkal és láncokkal, nyakukra pedig vasgallérral keresztekhez erősítették őket, a levegőbe emelték őket, és mindegyik kereszt lábát a földben erre a célra előkészített lyukba tették. A kereszteket egy sorban, egymástól mintegy négy lábnyi távolságra állították fel, és minden mártír mellett egy hóhér állt, aki egy lándzsát tartott készenlétben, hogy átszúrja az oldalát; mert ez a keresztre feszítés japán módja. Amint az összes keresztet felállították, a hóhérok felemelték a lándzsáikat, és egy jelre szinte ugyanabban a pillanatban átszúrták a vértanúkat, akik ezt követően elhaláloztak, és elmentek, hogy megkapják szenvedéseik jutalmát. Vérüket és ruhájukat a keresztények szerezték, és csodákat tettek általuk. VIII. urbán a vértanúk közé sorolta őket, és február 5-én, győzelmük napján tisztelegnek előttük.