I modsætning til hvad der er en populær misforståelse, er flagermus ikke “flyvende rotter”. Faktisk hører flagermus ikke engang til gnaverordenen, men er i stedet chiroptere. Globalt set består ordenen Chiroptera, der kommer fra latin og betyder “håndvinge”, i øjeblikket af 18 familier, omkring 174 slægter og mere end 900 arter. Chiroptere er opdelt i to hovedgrupper, kaldet underordener: Megachiroptera, som omfatter frugtflagermusene fra den gamle verden, der undertiden kaldes “flyvende ræve”, og Microchiroptera, som i det væsentlige omfatter alle flagermus, der ikke er frugtflagermus. Der findes ca. 164 arter af frugtflagermus, der er grupperet i 41 slægter i en enkelt familie, Pteropodidae. Microchiroptera er den største af underordenerne og består af de resterende 17 familier, 133 slægter og et sted i omegnen af 743 arter. Blandt mikrochiroptererne er den mest forskelligartede familie sandsynligvis Phyllostomidae, eller den Nye Verdens bladnæseflagermus, med 49 slægter, mens den største familie er Vespertilionidae (vesper- eller “aften”-flagermus) med imponerende 308 arter fordelt på 34 slægter.

Taxonomien af flagermus er langt fra universelt anerkendt, og der er flere forskellige forslag til taxonomier. I de senere år har udviklingen af molekylære sekventeringsteknikker givet et mere klart billede af, hvordan de forskellige flagermusarter er beslægtede, men der er mere at gøre. I denne artikel har jeg valgt at følge det skema, som David Macdonald præsenterede i sin revision af The New Encyclopedia of Mammals fra 2001.

I op til slutningen af 1960’erne og begyndelsen af 1970’erne mente størstedelen af flagermusklatologerne, at flagermusene udgjorde en monofyletisk gruppe (dvs. at de er hinandens nærmeste slægtninge), og denne idé betød, at motorflyvning kun udviklede sig én gang hos pattedyrene. Undersøgelser af frugtflagermusenes hjerner i midten af 1980’erne fik imidlertid John Pettigrew fra University of Queenslands neurovidenskabelige laboratorium til at foreslå, at mega- og mikrochiroptera udviklede sig uafhængigt af to separate grupper af ikke-flyvende pattedyr – denne idé omtales ofte som diphyly-hypotesen.

Pettigrew fandt, at megaflagermus havde meget avancerede neurale baner mellem øjne og hjerne, der mere lignede dem, der ses hos primater. Hvis Pettigrew har ret, og flagermusene virkelig er diphyletiske (dvs. at de ikke udgør en enkelt gruppe, der har udviklet sig fra en fælles forfader), så må flyvning have udviklet sig to gange; én gang hos megachrioptera (megabats) og derefter igen hos microchiroptera (microchiroptera). Selv om Pettigrews hypotese er tiltalende, er den baseret udelukkende på de foreliggende beviser kun støttet af en håndfuld undersøgelser (herunder en undersøgelse af nervesystemet og en anden af penisens morfologi), mens mindst 30 undersøgelser støtter idéen om, at de er en monofyletisk gruppe. Så selv om juryen stadig er uenig i debatten om monofyli/difyli, er der konsensus om, at flagermus udgør en enkelt gruppe, der har udviklet sig fra en enkelt, ikke-flyvende, fælles forfader.

Det Forenede Kongerige er hjemsted for 16 arter af flagermus, og i deres bog A Field Guide to British Bats opregner Frank Greenaway og Adam Hutson syv arter, der er vagabonder, i deres bog. For blot 12 år siden var der en syttende art på listen over den britiske flagermusfauna: den musvåge flagermus (Myotis myotis). Ved to års flagermusoptællinger blev der ikke fundet et eneste individ, og i januar 1990 blev denne karismatiske lille flagermus det første pattedyr, der blev erklæret uddødt i Det Forenede Kongerige, siden den sidste ulv blev skudt i 1745. Der var dog et glimt af håb, da en ung musvåge blev fundet i vinterhi nær Chichester i West Sussex i vinteren 2002. Dette fund alene er ikke tilstrækkeligt til at genindføre denne art på vores liste over uddøende fauna, især da adskillige forsøg på at finde et individ i løbet af den følgende sommer ikke førte til noget resultat, men det repræsenterer en lysstråle af håb for de personer, der arbejder med bevarelse af flagermus i Storbritannien.

Det følgende eksempel tegner det grundlæggende taksonomiske hierarki for den lille hestesko-flagermus (Rhinolophus hipposideros) og har til formål at illustrere flagermusenes placering blandt de andre dyr. Du kan få flere oplysninger og en beskrivelse af, hvordan vi klassificerer levende organismer, i min artikel om taksonomi.

Kongedømme: Animalia (Dyr)
Familie: Chordata (Besidder en grundlæggende ‘rygsøjle’)
Klasse:
Klasse: Mammalia* (Pattedyr)
Ord: Chiroptera (Flagermus)
Underorden: Chiroptera (Flagermus)
Suborden: Microchiroptera (Mikrochiroptera (Mikro-flagermus)
Familie: Chiroptera (Chiroptera) Rhinolophidae (Rhinolophidae (Hestesko- og Old World bladnæsflagermus)
Genus: Rhinolophus
Species: Hipposideros

* For de mere taksonomisk indstillede af jer, deler nogle autoriteter Mammalia yderligere op og placerer flagermus i Infra-klassen Eutheria og kohorten Unguiculata. Den præcise betydning af disse ekstra grupperinger ligger uden for rammerne af denne artikel, men det er tilstrækkeligt at sige, at det er en mere omfattende måde at gruppere visse pattedyr på.