一般に誤解されているようだが、コウモリは「空飛ぶネズミ」ではないのである。 実際、コウモリは齧歯目ですらなく、その代わりに脚長類である。 ラテン語で「手の翼」を意味する「翼手目」は、現在18科、174属、900種以上から構成されている。 旧世界のフルーツコウモリを含むMegachiropteraと、フルーツコウモリ以外のコウモリを含むMicrochiropteraに分けられる。 フルーツコウモリの仲間は164種あり、41の属に分類され、1つの科（Pteropodidae）に属している。 ミクロキロプテル亜目は、残りの17科、133属、743種からなる、より大きな亜目である。 一方、最も大きな科は Vespertilionidae (夕方コウモリ) で、34の属に分かれて308種が生息しています。 近年、分子配列解析技術の進歩により、異なるコウモリの種がどのような関係にあるのかが明らかになってきましたが、まだまだ課題は残っています。 この記事では、デビッド・マクドナルドが2001年に改訂した『新・哺乳類百科事典』で提示した方式に従うことにした。

1960年代後半から1970年代前半まで、コウモリの系統学者の大多数は、コウモリは単系統群（つまり互いに近縁種である）を形成し、この考えは動力飛行が哺乳類の一回だけ進化したということだと考えていた。 しかし、1980年代半ばにクイーンズランド大学神経科学研究所のジョン・ペティグリューが行ったフルーツコウモリの脳に関する研究により、メガコウモリとミクロキロペタは、飛べない哺乳類の2つの別々のグループから独立して進化したことが示唆され、この考えはしばしばディフィリー仮説と呼ばれる。 もしペティグリューの説が正しく、コウモリが本当に二相性であるならば（つまり、共通の祖先から進化した単一のグループを形成していない）、飛行は二度進化したはずです。一度はメガコウモリで、次にミクロキロプス（微小コウモリ）で進化したのです。 ペティグリューの仮説は魅力的ではあるが、入手可能な証拠に基づくと、ほんの一握りの研究（神経系を調べたものとペニスの形態を調べたものを含む）にしか裏付けられていない。一方、少なくとも30の研究が、単系統のグループであるという考えを支持しているのだ。 つまり、単系統か複系統かの議論はまだ終わっていませんが、コウモリは飛ばない単一の共通祖先から進化した単一のグループを形成しているというのが、コンセンサスなのです。 – Credit: Ján Svetlík

イギリスには16種のコウモリが生息しており、Frank GreenawayとAdam Hutsonはその著書『A Field Guide to British Bats』で、浮浪性の7種をリストアップしています。 わずか12年前、英国のコウモリ相リストに17番目の種であるネズミミミコウモリ（Myotis myotis）が含まれていたのです。 2年にわたるコウモリのセンサスでも1匹も見つからず、1990年1月、このカリスマ的な小コウモリは、1745年に最後のオオカミが射殺されて以来、英国で絶滅したと宣言された最初の哺乳類となった。 しかし、2002年の冬、ウェスト・サセックス州のチチェスター近郊で若いネズミ耳コウモリが冬眠しているのが発見され、希望の光が差し込むことになった。 この発見だけでは、この種を現存する動物種のリストに復活させるのに十分ではなく、特に次の夏の間、個体を見つけるために何度も努力したが空振りだったため、イギリスのコウモリ保護活動家にとって希望の光となったのだ。 より詳細な情報と、生物をどのように分類するかについての説明は、私の分類学の記事を参照してください

Kingdom: Animalia（動物）
Phylum（門）：Chordata（基本的な「背骨」を持つ）
Class（綱）。 Mammalia* (哺乳類)
Order: Chiroptera (コウモリ)
Sub-Order: Microchiroptera（マイクロコウモリ）
Family: Rhinolophidae（カブトコウモリと旧世界の葉鼻コウモリ）
Genus: Rhinolophus
Species: hipposideros

* 分類学に詳しい方のために、哺乳類をさらに分類し、コウモリをEutheria下目とUnguiculata上目に分けている当局もあります。 これらのグループ分けの正確な意味はこの記事の範囲外ですが、特定の哺乳類をより包括的にグループ分けする方法であることは十分承知しています

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