Baggrund
Polen og Litauen gjorde begge krav på Vilna (Vilnius) efter Første Verdenskrig. Polske styrker besatte Vilna i 1920, og før udbruddet af Anden Verdenskrig var byen Vilna en del af det nordøstlige Polen.
I henhold til betingelserne i den tysk-sovjetiske pagt blev Vilna sammen med resten af det østlige Polen besat af sovjetiske styrker i slutningen af september 1939. I oktober 1939 overdrog Sovjetunionen Vilna-området til Litauen. Byens befolkning var på dette tidspunkt på 200.000, heraf over 55.000 jøder. Desuden fandt omkring 12.000-15.000 jødiske flygtninge fra det tyskbesatte Polen tilflugt i byen. De sovjetiske styrker besatte Litauen i juni 1940 og indlemmede i august 1940 Vilna sammen med resten af Litauen i Sovjetunionen. Den 22. juni 1941 angreb Tyskland de sovjetiske styrker i Østeuropa. Den tyske hær besatte Vilna den 24. juni 1941, den tredje dag efter invasionen.
Vilna Ghetto
I juli 1941 udstedte den tyske militæradministration en række anti-jødiske dekreter. I samme måned dræbte tyske Einsatzgruppen (mobile drabsgrupper) med hjælp fra litauiske hjælpetropper 5.000 jødiske mænd i Ponary skoven, otte miles uden for Vilna. En tysk civil administration overtog kontrollen med Vilna i august 1941. I slutningen af måneden dræbte tyskerne yderligere 3.500 jøder ved Ponary.
Tyskerne oprettede to ghettoer – ghetto nr. 1 og ghetto nr. 2 – i Vilna i begyndelsen af september 1941. Jøder, der blev anset for uarbejdsdygtige, blev koncentreret i ghetto nr. 2. I oktober 1941 ødelagde tyske Einsatzgruppe-detachementer og litauiske hjælpetropper ghetto nr. 2, hvorved ghettobeboerne i Ponary blev dræbt. Lukiszki-fængslet fungerede som et opsamlingscenter for jøder, som skulle føres til Ponary og skydes. Ved udgangen af 1941 havde Einsatzgruppen dræbt omkring 40.000 jøder i Ponary.
Jøderne i ghetto nr. 1 blev tvunget til at arbejde på fabrikker eller i byggeprojekter uden for ghettoen. Nogle jøder blev sendt til arbejdslejre i Vilna-området. Under periodiske drabsaktioner blev de fleste af ghettoens indbyggere massakreret i Ponary. Fra foråret 1942 til foråret 1943 var der ingen massedrab i Vilna. Tyskerne genoptog drabene under den endelige likvidering af ghetto nr. 1 i slutningen af september 1943. Børn, ældre og syge blev sendt til Sobibor-mordcentret eller blev skudt i Ponary. De overlevende mænd blev sendt til arbejdslejre i Estland, mens kvinderne blev sendt til arbejdslejre i Letland.
Modstand i Vilna-gettoen
Ghettoen i Vilna havde en betydelig jødisk modstandsbevægelse. En gruppe af jødiske partisaner kendt som Den Forenede Partisanorganisation (Fareynegte Partizaner Organizatsye; FPO) blev dannet i 1942 og opererede i ghettoen. Modstandsbevægelsen oprettede skjulesteder for våben og forberedte sig på at bekæmpe tyskerne. I begyndelsen af september 1943, da det gik op for dem, at tyskerne havde til hensigt at ødelægge ghettoen endeligt, kom modstandsbevægelsens medlemmer i skænderi med tyskerne, som var gået ind i ghettoen for at påbegynde deportationerne. Det jødiske råd indvilligede imidlertid i at samarbejde om deportationerne af jøder fra ghettoen i håb om at minimere blodsudgydelser. Følgelig besluttede FPO at flygte til de nærliggende skove for at bekæmpe tyskerne. Nogle ghettokæmpere undslap den endelige ødelæggelse af ghettoen og flygtede gennem kloakkerne for at slutte sig til partisaner i Rudninkai og Naroch skovene uden for byen.
I september 1943 tvang tyskerne i et forsøg på at tilintetgøre beviserne for drabene på jøderne i Ponary afdelinger af jødiske arbejdere til at åbne massegravene og brænde ligene. Jøder fra nærliggende arbejdslejre blev fortsat dræbt i Ponary.
Under den tyske besættelse blev titusindvis af jøder fra Vilna og det omkringliggende område samt sovjetiske krigsfanger og andre, der blev mistænkt for at være imod tyskerne, massakreret i Ponary. Sovjetiske styrker befriede Vilna i juli 1944.