Al contrario de lo que se piensa, los murciélagos no son «ratas voladoras». De hecho, los murciélagos ni siquiera pertenecen al orden de los roedores, sino que son quirópteros. A nivel mundial, el orden Chiroptera, del latín que significa «ala de mano», está compuesto actualmente por 18 familias, unos 174 géneros y más de 900 especies. Los quirópteros se dividen en dos grupos principales, llamados subórdenes: el Megachiroptera, que contiene los murciélagos frugívoros del Viejo Mundo, a veces llamados «zorros voladores»; y el Microchiroptera, que contiene esencialmente cualquier murciélago que no sea frugívoro. Hay unas 164 especies de murciélagos frugívoros, agrupados en 41 géneros en una sola familia, la Pteropodidae. El microquiróptero es el mayor de los subórdenes, con las 17 familias restantes, 133 géneros y unas 743 especies. De los microquirópteros, la familia más diversa es probablemente la de los Phyllostomidae, o murciélagos con nariz de hoja del Nuevo Mundo, con 49 géneros, mientras que la familia más grande es la de los Vespertilionidae (murciélagos vesperos o «nocturnos»), con unas impresionantes 308 especies divididas en 34 géneros.

La taxonomía de los murciélagos dista mucho de estar universalmente consensuada y existen varias propuestas de taxonomías diferentes. En los últimos años, el avance de las técnicas de secuenciación molecular ha proporcionado una imagen más clara de cómo se relacionan las diferentes especies de murciélagos, pero aún queda mucho por hacer. Para los fines de este artículo, he optado por seguir el esquema presentado por David Macdonald en su revisión de 2001 de la Nueva Enciclopedia de los Mamíferos.

Hasta finales de los años sesenta y principios de los setenta, la mayoría de los cladistas de murciélagos consideraban que éstos formaban un grupo monofilético (es decir, que son los parientes más cercanos entre sí) y esta idea significaba que el vuelo motorizado sólo evolucionó una vez en los mamíferos. Sin embargo, los estudios sobre los cerebros de los murciélagos frugívoros realizados a mediados de la década de 1980 por John Pettigrew en el Laboratorio de Neurociencia de la Universidad de Queensland sugirieron que los megabates y los microquirópteros evolucionaron de forma independiente a partir de dos grupos distintos de mamíferos no voladores; esta idea suele denominarse hipótesis de la difilia.

Pettigrew descubrió que los megabates tenían unas vías neuronales muy avanzadas entre los ojos y el cerebro, más parecidas a las observadas en los primates. Si Pettigrew está en lo cierto y los murciélagos son realmente difiléticos (es decir, no forman un único grupo que evolucionó a partir de un ancestro común), entonces el vuelo debe haber evolucionado dos veces; una en los megacrópteros (megabats) y otra en los microquirópteros (micromurciélagos). Por muy atractiva que sea la hipótesis de Pettigrew, basándose únicamente en las pruebas disponibles, sólo está respaldada por un puñado de estudios (entre ellos uno sobre el sistema nervioso y otro sobre la morfología del pene), mientras que al menos 30 estudios apoyan la idea de que son un grupo monofilético. Así que, aunque el debate sobre la monofilia/difilia sigue sin resolverse, el consenso es que los murciélagos forman un único grupo que evolucionó a partir de un único ancestro común no volador.

El Reino Unido alberga 16 especies de murciélagos y, en su libro A Field Guide to British Bats (Guía de campo de los murciélagos británicos), Frank Greenaway y Adam Hutson enumeran siete especies errantes. Hace sólo 12 años, había una decimoséptima especie en la lista de la fauna de murciélagos británica: el murciélago de orejas de ratón (Myotis myotis). Dos años de censos de murciélagos no lograron encontrar ni un solo individuo y, en enero de 1990, este carismático murciélago se convirtió en el primer mamífero declarado extinto en el Reino Unido desde que el último lobo fue abatido en 1745. Sin embargo, hubo un rayo de esperanza cuando se encontró un joven murciélago de orejas de ratón hibernando cerca de Chichester, en West Sussex, durante el invierno de 2002. Este hallazgo por sí solo no es suficiente para reincorporar esta especie a nuestra lista de fauna existente, sobre todo porque los numerosos esfuerzos por encontrar un individuo durante el verano siguiente se quedaron en blanco, pero representa un rayo de esperanza para los trabajadores de la conservación de los murciélagos en Gran Bretaña.

El siguiente ejemplo traza la jerarquía taxonómica básica del murciélago de herradura menor (Rhinolophus hipposideros) y pretende ilustrar la ubicación de los murciélagos entre los demás animales. Para más información y una descripción de cómo clasificamos los organismos vivos, consulte mi artículo sobre Taxonomía.

Dominio: Animalia (Animales)
Phylum: Chordata (Poseen una «columna vertebral» básica)
Clase: Mammalia* (Mamíferos)
Orden: Chiroptera (Murciélagos)
Suborden: Microchiroptera (Micromurciélagos)
Familia: Rhinolophidae (Murciélagos de herradura y de nariz de hoja del Viejo Mundo)
Género: Rhinolophus
Especie: hipposideros

* Para los más taxonómicos, algunas autoridades dividen aún más a los Mammalia, colocando a los murciélagos en la infraclase Eutheria y en la cohorte Unguiculata. El significado preciso de estas agrupaciones adicionales está fuera del alcance de este artículo, pero basta con decir que es una forma más completa de agrupar a ciertos mamíferos.