Industrialisation de la production de viande et de volaille
La production de viande au cours des quatre dernières décennies a connu des niveaux sans précédent d’agriculture intensive et de traitement et de distribution centralisés. Cela a contribué de manière significative aux tendances de l’incidence des principales maladies d’origine alimentaire (Salmonella) et peut avoir atténué l’émergence d’autres (Campylobacter, E. coli). L’élevage intensif de bovins, de porcs et de volailles (production de viande et d’œufs) a présenté à l’industrie agricole des défis importants pour maintenir la santé du bétail et la sécurité des produits qui en sont dérivés.
Satisfaire la demande d’aliments relativement bon marché a sans doute déplacé le contrôle des prix de l’agriculteur au détaillant et encouragé les pratiques visant à maximiser les gains du producteur, y compris l’utilisation prophylactique d’antibiotiques et le recyclage des abats non utilisables en aliments pour la génération suivante. Cette dernière question est spécifiquement associée à l’émergence de l’ESB chez les bovins et de la forme humaine de cette maladie à prions, la vMCJ, au Royaume-Uni à la fin des années 1980 et au début des années 1990. Les États-Unis et le Canada ont été relativement épargnés à ce jour, avec seulement 21 cas d’ESB et 3 cas de vMCJ. L’apparition de l’ESB a eu de profondes répercussions sur la production d’aliments pour bétail, sur les mouvements transfrontaliers des bovins et sur l’examen public de l’approvisionnement alimentaire.
La centralisation de la transformation et de la distribution a fait que les épidémies peuvent toucher un très grand nombre de consommateurs. La plus grande épidémie de maladie d’origine alimentaire jamais documentée aux États-Unis a touché environ 197 000 personnes atteintes d’une infection à Salmonella en 1995. La maladie a été liée à du lait largement distribué, incorrectement pasteurisé, provenant d’une laiterie de l’Illinois, aux États-Unis.
Le lien entre la production intensive de viande et de volaille et l’augmentation du risque pour la santé humaine est sans doute soutenu par une polarisation des tendances de signalement de Salmonella. Le déclin de la typhoïde au cours du siècle dernier a été suivi d’une augmentation des infections à Salmonella non typhoïdiennes signalées. Les cas humains basés sur des identifications en laboratoire ont augmenté de manière significative entre les années 1960 et 1980. Les infections à Salmonella non typhoïde sont actuellement l’une des maladies d’origine alimentaire les plus fréquemment signalées, et les tendances annuelles se maintiennent entre 40 000 et 45 000 cas confirmés en laboratoire aux États-Unis et entre 5 000 et 7 000 au Canada depuis le milieu des années 1990 (figure 1). Bien que Salmonella soit omniprésente dans le tractus intestinal des animaux et que plus de 2 400 sérotypes soient décrits, seule une poignée est associée à la plupart des maladies humaines.
Figure 1. Signalements de salmonelles par année pour les États-Unis et le Canada : Données sur les maladies à déclaration obligatoire.
Source : US Centers for Disease Control ; Agence de santé publique du Canada.
Chaque année, plusieurs centaines de sérotypes de Salmonella sont identifiés à partir de cas humains, mais seuls quatre ou cinq représentent plus de 50 % des infections signalées. Salmonella enteritidis et Salmonella typhimurium sont les plus fréquemment signalés, tandis que Salmonella heidelberg et Salmonella newport figuraient également parmi les quatre principaux sérotypes la plupart des années depuis 1995 aux États-Unis. Le Canada présente un schéma similaire, sauf que Salmonella hadar remplace S. newport dans les quatre types courants la plupart des années. Un résumé des isolats canadiens de Salmonella de 1996 à 1999 a montré que les sérotypes les plus courants chez l’homme étaient également courants chez les bovins et la volaille. Les isolats non humains de S. typhimurium provenaient principalement de bovins, tandis que S. enteritidis, S. heidelberg et S. hadar provenaient principalement de la volaille et S. enteritidis presque entièrement du poulet et de l’œuf.
L’augmentation de S. enteritidis aux États-Unis depuis le début des années 1970, décrite comme une « épidémie nationale », est l’une des tendances les plus importantes dans la déclaration de Salmonella au cours des dernières décennies, reflétant la propagation internationale d’un seul sérotype chez les poulets. Contrairement aux bovins, où la transmission de Salmonella se fait probablement d’animal à animal dans des conditions de promiscuité et de stress, la propagation de S. enteritidis à la fin des années 1980 et au début des années 1990, a été associée à une transmission transovarienne par des œufs infectés, peut-être à partir d’un nombre limité de reproducteurs vers des troupeaux de volailles, puis par une transmission d’oiseau à oiseau. L’infection humaine à la même époque était liée à des œufs et de la viande de volaille infectés. L’implication d’un cheptel reproducteur infecté est renforcée par le nombre limité de souches impliquées, ce qui suggère une lignée génétique étroite. La diminution des signalements d’infection par S. enteritidis aux États-Unis à partir de 1996 peut refléter les efforts pour réduire l’infection des troupeaux ainsi que les conseils pour réduire l’amplification et la propagation pendant la vente au détail, le stockage et la préparation des aliments.
Les sérotypes de Salmonella d’importance humaine ont de multiples sous-types utiles dans la recherche épidémiologique, les enquêtes sur les épidémies et le suivi de l’évolution de caractéristiques telles que la résistance aux antimicrobiens. Ces sous-types sont mis en évidence par des méthodes traditionnelles de sous-typage (lysotypie (PT)) et par des méthodes moléculaires récentes (électrophorèse en champ pulsé (PFGE)). Les études de phagocytose de S. enteritidis indiquent que les types de phages prédominants présentent une certaine variation géographique : types de phages 8, 13 et 13a (et plus récemment PT4) aux États-Unis et au Canada ; PT4 au Royaume-Uni ; PT4 et PT8 dans d’autres parties de l’Europe. Au Canada, les types de phages de S. enteritidis présentent des similitudes entre les sources humaines et les sources avicoles ; PT4, PT8 et PT13 représentant 40 à 80 % de tous les types provenant des deux sources au cours des dernières années.
L’industrialisation de la production de viande et de volaille a influencé l’émergence de Campylobacter et d’EHEC depuis les années 1970. Bien qu’il ait été identifié comme un agent pathogène potentiel à la fin du XIXe siècle, Campylobacter n’a pas été pleinement reconnu comme un agent pathogène pour l’homme avant les années 1970, lorsque le développement de milieux de croissance sélectifs a permis aux laboratoires de tester systématiquement la bactérie. Les infections à Campylobacter, en particulier Campylobacter jejuni, sont désormais reconnues comme l’une des maladies d’origine alimentaire les plus courantes. Bien que l’augmentation initiale de Campylobacter soit due à l’amélioration du diagnostic en laboratoire, la consommation de volailles présentant des taux de contamination élevés a contribué aux tendances récentes. Les chercheurs ont estimé à 2,4 millions le nombre de cas de Campylobacter par an aux États-Unis, soit un million de plus pour l’infection par Salmonella. Les notifications de Campylobacter au Canada ont toujours dépassé celles de Salmonella au cours des 15 dernières années, variant annuellement entre 10 000 et 16 000 rapports. Une diminution progressive des notifications annuelles depuis 1994 peut refléter une meilleure sensibilisation et une meilleure hygiène alimentaire, bien que la raison réelle ne soit pas connue.
Bien que Campylobacter soit largement présent dans le tractus intestinal des animaux domestiques et sauvages et des oiseaux, la plupart des maladies humaines sont liées à la viande, à la volaille et au lait cru. Les volailles semblent sensibles à l’infection par un faible nombre de bactéries, et des études menées dans les années 1990 ont indiqué qu’à l’âge de 4 semaines, la plupart des poulets produits commercialement étaient colonisés, probablement à partir de sources environnementales telles que l’eau naturelle non chlorée. Les pratiques d’élevage et de transformation contribuent à l’amplification et à la propagation de la bactérie et une proportion élevée (mais variable) de la viande de poulet vendue au détail est contaminée avant d’atteindre les rayons du magasin. Les numérations bactériennes peuvent augmenter pendant le transport, l’abattage et la transformation, bien que les numérations sur les carcasses puissent être réduites par la réfrigération, par l’attention portée à l’hygiène des usines de transformation et par des procédés qui réduisent directement la contamination des carcasses (par exemple, l’irradiation). Les études du site sentinelle C-EnterNet du Canada ont cependant continué à montrer des échantillons de viande de volaille au détail allant de 29% à 43% de positifs de 2006 à 2008, alors que la contamination des autres viandes (bœuf et porc) était négligeable.
En 1982, une nouvelle souche EHEC a été liée à des épidémies distinctes de diarrhée sanglante dans deux États américains. L’infection était associée à la consommation de viande de bœuf provenant d’une chaîne de restauration rapide et E. coli O157:H7 a été identifié dans neuf cas. Une nouvelle maladie d’origine alimentaire, décrite comme la « maladie du hamburger » dans la presse, avait été reconnue. Il est intéressant de noter que des chercheurs canadiens avaient décrit en 1977 plusieurs souches d’E. coli ayant des effets toxiques similaires. Ces infections par E. coli producteur de verrotoxine ou E. coli producteur de shigatoxine (STEC) étaient associées à une diarrhée sanglante (colite hémorragique) et, dans une petite proportion de cas, au syndrome hémolytique et urémique (SHU), en particulier chez les jeunes enfants. Le SHU est particulièrement préoccupant en raison des symptômes mettant la vie en danger et de l’impact potentiellement grave sur la santé rénale à long terme de l’individu, et est reconnu comme une cause majeure d’insuffisance rénale chez les enfants.
Les épidémies d’E. coli associées aux produits de bœuf haché et au lait reflètent le lien avec les bovins en tant que source majeure d’infections par EHEC. Environ 3 % des veaux et jusqu’à 80 % des bovins adultes sont positifs pour E. coli O157:H7. Bien que l’organisme ne provoque pas de symptômes chez les bovins adultes, la propagation peut être facilitée par les conditions des parcs d’engraissement. La gravité de la maladie chez l’homme et les niveaux élevés d’infection chez les bovins adultes, qui augmentent le potentiel de contamination des carcasses pendant l’abattage, ont entraîné un examen plus attentif du bœuf haché, ce qui a conduit à plusieurs rappels importants de ces produits. Bien que divers aliments soient liés à l’infection par E. coli O157:H7, notamment la salade, les fruits, les légumes, le cidre de pomme, le lait cru, le yaourt, la saucisse et le jerky de viande de cerf, beaucoup d’entre eux sont liés à la contamination par le fumier de bovins. Les tendances actuelles des cas humains confirmés en laboratoire indiquent une augmentation graduelle des déclarations depuis le milieu des années 1990 aux États-Unis, tandis que les données canadiennes suggèrent un léger déclin (figure 2). Le site C-EnterNet du Canada a montré des niveaux significatifs d’E. coli O157:H7 dans le fumier de bovins laitiers et de bovins de boucherie et dans les échantillons de ferme, mais des niveaux négligeables dans les échantillons de bœuf au détail entre 2006 et 2008, ce qui suggère des succès possibles dans la minimisation de la contamination pendant la transformation.
Figure 2. Signalements d’E. coli par année pour les États-Unis et le Canada : Données sur les maladies à déclaration obligatoire.
Source : Centres américains de contrôle des maladies ; Agence de santé publique du Canada.
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