Som følge af Pequot-krigen i 1637 var nyengelske bosættelser modtagelige over for planer om at styrke koloniens forsvar mod truslen om indianerangreb. Lederne i Hartford fremførte ideen om at danne en forsvarsalliance blandt ligesindede bosættelser i området – et forslag, der påpegede, at de anglikanske beboere i Maine og de fritænkende i Rhode Island var udelukket. 1643 mødtes delegerede fra Connecticut, New Haven, Massachusetts Bay og Plymouth Colony i Boston og dannede The United Colonies of New England, mere almindeligt kendt som New England Confederation, efter flere års forhandlinger. Organisationen skulle bestå af to delegerede fra hver af de fire medlemskolonier. Seks af de otte stemmer var nødvendige for at vedtage en foranstaltning. Der skulle afholdes regelmæssige årlige møder, men der kunne indkaldes til ekstra konferencer i nødstilfælde.Medlemskolonierne var motiveret til at tilslutte sig ikke kun på grund af frygten for indianerangreb, men også på grund af truslerne fra hollænderne i New Netherland og franskmændene i Canada. Man håbede også, at konføderationen ville søge at finde løsninger på en række vanskelige grænsespørgsmål.Konføderationen var ikke tænkt som en centralregering for New England-kolonierne; hver af dem beholdt sine egne styrende institutioner.Konføderationens beføjelser omfattede følgende:

• Afgifter til medlemskolonierne til dækning af forsvarsudgifterne; der skulle opkræves en forholdsmæssig afgift på grundlag af antallet af mænd i alderen 16 til 60 år, der boede i hver koloni.
• Afkræve medlemskolonierne at deltage i tilbageleveringen af flygtninge fra retfærdigheden og bortløbne slaver. Sidstnævnte krav foregreb senere tiders love om flygtede slaver.

Massachusetts Bay, den største af kolonierne, opdagede hurtigt, at for meget autoritet var blevet overgivet til de mindre naboer. Som følge heraf ignorerede Bay-kolonien simpelthen instruktionen, når den stod over for en upopulær beslutning fra Confederationen. Connecticut-kolonierne levede i skyggen af hollænderne i New Netherland og opnåede de nødvendige stemmer til at deltage i den anglo-hollandske konflikt i 1650’erne. Det fjerntliggende Massachusetts Bay nægtede at honorere opfordringen til handling. Det er ikke overraskende, at konføderationens indflydelse faldt kraftigt fra dette tidspunkt, men en kort genoplivning fandt sted under den bitre konflikt i Kong Philipskrigen (1675-76).De oprindelige artikler om konføderation af de Forenede Kolonier i New England, dateret den 19. maj 1643, indeholdt som sin anden sektion:

2. De nævnte forenede kolonier indgår hermed for sig selv og deres efterkommere i fællesskab og hver for sig et fast og evigt venskabsforbund til angreb og forsvar, gensidig rådgivning og hjælp ved alle retfærdige lejligheder både for at bevare og udbrede evangeliets sandhed og frihedsrettigheder og for deres egen gensidige sikkerhed og velfærd.

Den evige gyldighed varede kun indtil 1684, hvor forbundets blev opløst. New England Confederation var et lille første skridt i retning af et formelt samarbejde mellem kolonierne. I 1686 ville kronen oprette Dominion of New England, en meget upopulær sammenlægning af New York og New Jersey med de nyengelske kolonier. Senere, på tærsklen til den franske og indianske krig, ville syv kolonier overveje Ben Franklins Albany Plan of Union, et forslag om en fødereret koloniherredømme.