Som ett resultat av pequotkriget 1637 var New Englands bosättningar mottagliga för planer på att förstärka koloniala försvar mot hotet från indianangrepp. Ledare i Hartford förde fram idén om att bilda en försvarsallians mellan likasinnade bosättningar i området – ett förslag som tydligt uteslöt de anglikanska invånarna i Maine och fritänkare i Rhode Island. 1643, efter flera års förhandlingar, möttes delegater från Connecticut, New Haven, Massachusetts Bay och Plymouth Colony i Boston och bildade The United Colonies of New England, mer allmänt känt som New England Confederation. Organisationen skulle bestå av två delegater från var och en av de fyra medlemskolonierna. Sex av åtta röster var nödvändiga för att anta en åtgärd. Regelbundna årsmöten skulle hållas, men ytterligare konferenser kunde sammankallas i nödsituationer. medlemskolonierna motiverades att ansluta sig inte bara på grund av rädslan för indianangrepp, utan också på grund av hoten från holländarna i New Netherland och fransmännen i Kanada. Man hoppades också att förbundet skulle söka lösningar på ett antal besvärliga gränsfrågor.Förbundet var inte tänkt att bli en centralregering för New England-kolonierna; var och en behöll sina egna styrande institutioner.Förbundets befogenheter omfattade följande:

• För att bedöma medlemskoloniernas kostnader för försvaret; proportionella avgifter skulle tas ut på grundval av antalet män i åldrarna 16-60 år som bodde i varje koloni.
• För att kräva att medlemskolonierna skulle delta i återsändandet av personer som flydde från rättvisan och förrymda slavar. Det sistnämnda kravet föregrep senare tiders lagar om flyende slavar.

Massachusetts Bay, den största av kolonierna, upptäckte snabbt att för mycket auktoritet hade överlåtits till dess mindre grannar. När Bay-kolonin stod inför ett impopulärt beslut av förbundet ignorerade den därför helt enkelt instruktionen. Connecticutkolonierna levde i skuggan av holländarna i Nya Nederländerna och fick de nödvändiga rösterna för att delta i den engelsk-holländska konflikten på 1650-talet. Det avlägsna Massachusetts Bay vägrade att hedra uppmaningen till handling. Föga förvånande minskade konfederationens inflytande kraftigt från och med denna tid, men ett kort återupplivande ägde rum under den bittra konflikten i kung Philipskriget (1675-76).De ursprungliga konfederationsartiklarna för New Englands förenade kolonier, daterade den 19 maj 1643, innehöll som sitt andra avsnitt:

2. De nämnda Förenade kolonierna ingår härmed gemensamt och enskilt för sig själva och sina efterkommande ett fast och evigt förbund av vänskap och vänskap för angrepp och försvar, ömsesidig rådgivning och hjälp vid alla rättfärdiga tillfällen, både för att bevara och sprida evangeliets sanning och friheter och för sin egen ömsesidiga säkerhet och välfärd.

Perpetuity varade endast till 1684, då förbundet upplöstes.New England Confederation var ett litet första steg mot ett formellt samarbete mellan kolonierna. År 1686 skulle kronan skapa Dominion of New England, en mycket impopulär sammanslagning av New York och New Jersey med de nyengelska kolonierna. Senare, inför det franska och indiska kriget, skulle sju kolonier överväga Ben Franklins Albany Plan of Union, ett förslag till en federerad kolonialregering.Se tidtabell för indiankrig.