Como resultado de la Guerra Pequot de 1637, los asentamientos de Nueva Inglaterra se mostraron receptivos a los planes para reforzar las defensas coloniales contra la amenaza de los ataques indios. Los líderes de Hartford propusieron la idea de formar una alianza defensiva entre los asentamientos de la zona con ideas afines, una propuesta que excluía claramente a los residentes anglicanos de Maine y a los librepensadores de Rhode Island.Tras varios años de negociaciones, los delegados de Connecticut, New Haven, la Bahía de Massachusetts y la Colonia de Plymouth se reunieron en Boston en 1643 y formaron Las Colonias Unidas de Nueva Inglaterra, más conocidas como la Confederación de Nueva Inglaterra. La organización debía estar compuesta por dos delegados de cada una de las cuatro colonias miembros. Se necesitaban seis de los ocho votos para adoptar cualquier medida. Las colonias miembros estaban motivadas para unirse no sólo por el miedo a los ataques de los indios, sino también por las amenazas que suponían los holandeses en Nueva Holanda y los franceses en Canadá. La Confederación no pretendía ser un gobierno central para las colonias de Nueva Inglaterra; cada una conservaba sus propias instituciones de gobierno.Los poderes de la Confederación incluían los siguientes:

• Evaluar a las colonias miembros para los costes de defensa; se recaudarían cuotas proporcionales al número de varones, de entre 16 y 60 años, que residieran en cada colonia.
• Exigir a las colonias miembros que participaran en la devolución de los fugitivos de la justicia y de los esclavos fugitivos. Este último requisito anticipó las leyes sobre los esclavos fugitivos de épocas posteriores.

La Bahía de Massachusetts, la mayor de las colonias, descubrió rápidamente que había cedido demasiada autoridad a sus vecinos más pequeños. Como resultado, cuando la Colonia de la Bahía se enfrentó a una decisión impopular de la Confederación, simplemente ignoró la instrucción. Los asentamientos de Connecticut vivieron a la sombra de los holandeses en los Nuevos Países Bajos y obtuvieron los votos necesarios para participar en el conflicto anglo-holandés de la década de 1650. La lejana Bahía de Massachusetts se negó a cumplir con la convocatoria a la acción. No es de extrañar que la influencia de la Confederación disminuyera bruscamente a partir de ese momento, pero se produjo un breve resurgimiento durante el amargo conflicto de la Guerra del Rey Felipe (1675-76).Los Artículos originales de la Confederación de las Colonias Unidas de Nueva Inglaterra, fechados el 19 de mayo de 1643, incluían como su segunda sección:

2. Las citadas Colonias Unidas, para sí mismas y para sus posteridades, establecen por la presente, conjunta y separadamente, una liga firme y perpetua de amistad y amistad para la ofensa y la defensa, el consejo mutuo y la ayuda en todas las ocasiones justas, tanto para preservar y propagar la verdad y las libertades del Evangelio como para su propia seguridad y bienestar mutuos.

La perpetuidad sólo duró hasta 1684, cuando la confederación se disolvió.La Confederación de Nueva Inglaterra fue un pequeño primer paso hacia la cooperación formal entre las colonias. En 1686, la Corona crearía el Dominio de Nueva Inglaterra, una fusión muy impopular de Nueva York y Nueva Jersey con las colonias de Nueva Inglaterra. Más tarde, en vísperas de la Guerra de los Franceses y los Indios, siete colonias considerarían el Plan de Unión de Albany de Ben Franklin, una propuesta para un gobierno colonial federado.Ver Tabla de Tiempos de las Guerras Indias.