Muutamia kromosomialueita on määritelty tarkoituksenmukaisesti, jotta voidaan puhua geenilokuksista. Tärkein on kromosomialueen p ja kromosomialueen q erottaminen toisistaan. Nämä ovat virtuaalisia alueita, jotka ovat olemassa kaikissa kromosomeissa.

Diagrammi kahdentuneesta ja tiivistyneestä (metafaasista) eukaryoottikromosomista. (1) Kromatidi – toinen kromosomin kahdesta identtisestä osasta S-vaiheen jälkeen. (2) Sentromeeri – kohta, jossa kaksi kromatidia koskettaa toisiaan ja jossa mikrotubulukset kiinnittyvät. (3) Lyhyt varsi (p). (4) Pitkä varsi (q).

Solunjakautumisen aikana kromosomit muodostavat molekyylit (DNA ja proteiinit) kärsivät tiivistymisprosessista (jota kutsutaan kromatiinikondensaatioksi), joka muodostaa kompaktin ja pienen kompleksin, jota kutsutaan kromatidiksi. Monistuneita DNA-molekyylejä sisältävät kompleksit, sisarkromatidit, kiinnittyvät toisiinsa sentromeerin avulla (jossa kinetokori kokoontuu). Sentromeeri jakaa jokaisen kromosomin kahteen alueeseen: pienempään eli p-alueeseen ja suurempaan eli q-alueeseen. Sisaruskromatidit jakautuvat kullekin tyttärisolulle solunjakautumisen lopussa.

P-alue sijaitsee kromosomin lyhyemmässä haarassa (p tarkoittaa petit, ranskaksi pientä), kun taas q-alue sijaitsee suuremmassa haarassa (valittu aakkosissa p:n jälkeen seuraavana kirjaimena).

Kromosomin kummassakin päässä on telomeeri, DNA:n lappu, joka suojaa loputkin kromosomista vaurioilta. Telomeerejä lähellä olevat p- ja q-alueiden alueet ovat subtelomeerejä eli subtelomeerisia alueita. Lähempänä sentromeeria olevat alueet ovat perisentromeerisia alueita. Lopuksi interstitiaaliset alueet ovat p- ja q-alueiden osia, jotka eivät ole lähellä sentromeeria eivätkä telomeerejä, vaan ovat suunnilleen p:n tai q:n keskellä.

Kromosomin alueet