Come risultato della guerra dei Pequot del 1637, gli insediamenti del New England erano ricettivi ai piani per rafforzare le difese coloniali contro la minaccia di attacchi indiani. I leader di Hartford avanzarono l’idea di formare un’alleanza difensiva tra gli insediamenti della zona – una proposta che escludeva nettamente i residenti anglicani del Maine e i liberi pensatori del Rhode Island. Dopo diversi anni di negoziati, i delegati del Connecticut, New Haven, Massachusetts Bay e Plymouth Colony si incontrarono a Boston nel 1643 e formarono le Colonie Unite del New England, più comunemente note come Confederazione del New England. L’organizzazione doveva essere composta da due delegati per ciascuna delle quattro colonie membri. Sei degli otto voti erano necessari per adottare qualsiasi misura. Le colonie membri erano motivate ad unirsi non solo per la paura di attacchi indiani, ma anche per le minacce poste dagli olandesi nella Nuova Olanda e dai francesi in Canada. Si sperava inoltre che la Confederazione avrebbe cercato di risolvere una serie di questioni di confine fastidiose. La Confederazione non era intesa come un governo centrale per le colonie del New England; ognuna di esse mantenne le proprie istituzioni di governo.I poteri della Confederazione includevano i seguenti:

• Per valutare le colonie membri per i costi della difesa; quote proporzionali dovevano essere imposte sul numero di maschi, dai 16 ai 60 anni, residenti in ogni colonia.
• Per richiedere alle colonie membri di partecipare al ritorno dei fuggitivi dalla giustizia e degli schiavi fuggitivi. Quest’ultimo requisito anticipava le leggi sugli schiavi fuggitivi dei tempi successivi.

Massachusetts Bay, la più grande delle colonie, scoprì rapidamente che troppa autorità era stata ceduta ai suoi vicini più piccoli. Di conseguenza, quando la colonia della Baia dovette affrontare una decisione impopolare della Confederazione, semplicemente ignorò l’istruzione. Gli insediamenti del Connecticut vissero all’ombra degli olandesi nella Nuova Olanda e ottennero i voti necessari per partecipare al conflitto anglo-olandese del 1650. La lontana Massachusetts Bay si rifiutò di onorare la convocazione all’azione. Non sorprende che l’influenza della Confederazione declinò bruscamente da questo momento in poi, ma una breve rinascita si verificò durante l’aspro conflitto della Guerra di Re Filippo (1675-76).Gli originali Articoli della Confederazione delle Colonie Unite della Nuova Inghilterra, datati 19 maggio 1643, includevano come seconda sezione:

2. Le suddette Colonie Unite, per se stesse e per i loro posteri, stipulano congiuntamente e disgiuntamente una solida e perpetua lega di amicizia e di amicizia per l’offesa e la difesa, per il mutuo consiglio e il soccorso in tutte le giuste occasioni, sia per preservare e propagare la verità e le libertà del Vangelo, sia per la loro stessa sicurezza e benessere reciproci.

La perpetuità durò solo fino al 1684, quando la confederazione fu sciolta.La Confederazione del New England fu un primo piccolo passo verso la cooperazione formale tra le colonie. Nel 1686 la Corona avrebbe creato il Dominio del New England, una fusione molto impopolare di New York e New Jersey con le colonie del New England. Più tardi, alla vigilia della guerra franco-indiana, sette colonie avrebbero preso in considerazione l’Albany Plan of Union di Ben Franklin, una proposta per un governo coloniale federato.